化石（日文︰カセキ，英文︰Fossil）是生活在遥远的过去的宝可梦的遗体或遗骨变成的有机素体，例如骨架、龟壳等等。
在宝可梦的世界，关都地区红莲岛的宝可梦研究所和丰缘地区得文制造股份有限公司的研究小组在同一时间研制出了能使古代宝可梦的化石复活的机器。在关都地区的深灰科学博物馆HGSS、神奥地区的钢铁炭坑博物馆、合众地区的七宝博物馆、卡洛斯地区古香镇的化石研究所和阿罗拉地区８号道路的化石复原所也能让化石复活。想要复活古代宝可梦就必须得到它的完整的化石，通过化石复活机，从化石里提取出宝可梦的基因，并将它重新组合成宝可梦。复活的宝可梦和之前的模样并不完全相同，并且没有过去的记忆。
通过这种方式复活的宝可梦化石，全部都拥有岩石属性，这也证实了复活的宝可梦和古时候的本体不完全相同，而长时间封存在岩石中已经某种程度上改变了基因。
在第四世代之前，化石属于重要物品，只能获得一个；而到了第四世代之后，化石转变一般道具，可以重复获得，并且可以出售和投掷。
在主系列游戏中，除了第二世代和第七世代，每个世代都会有新发现的化石。
因为是从化石中复活的原因，化石宝可梦的属性一定包括岩石属性，这类宝可梦和最初拿到的宝可梦一样培育难度高，且没有野生宝可梦，也很少有宝可梦训练家拥有。
复活地点
红莲岛的宝可梦研究所
卡那兹市的得文制造股份有限公司
钢铁市的钢铁炭坑博物馆
深灰市的深灰科学博物馆
七宝市的七宝博物馆
古香镇的化石研究所
８号道路的化石复原所
在第一世代中，化石宝可梦无法学会岩石属性招式。
截止目前，只有关都地区有3种化石。
在神速的盖诺赛克特 超梦觉醒中曾提到盖诺赛克特是经化石复活并被改造强化的已灭绝宝可梦，但在游戏中并无法获得盖诺赛克特的化石。盖诺赛克特本身也不带岩石属性。
在游戏中，古香镇化石研究所的研究员称盖诺赛克特的化石是在闪耀洞窟发现的。
所有化石宝可梦的性别比例都是1♀:7♂。
化石复活！古代怪鸟始祖大鸟!!中，红豆杉博士提到复活化石要利用梦梦蚀的梦之能源使得幻想的古代因子从虚幻化为真实。
目前只有第二世代和第七世代没有新增的化石宝可梦。
《红／绿》发行的时候正值电影《侏罗纪公园》掀起恐龙热潮的时期，因此化石能够复活宝可梦的灵感可能来自于该系列电影，道具秘密琥珀更是指向了这点。
而在后来第七世代的超级化石翼龙的图鉴说明中又加入了复活的化石宝可梦因为基因缺失，与其古代原型不一定一样的设定，巧合的是这种设定类似《侏罗纪世界》中对电影中经典恐龙形象与近几年考古学发现的新的恐龙形象相悖的解释。
