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先把新、旧控制器的引线作对应辨认。新控制器上一般都会有其接线的说明标签，需要找出的是旧控制器的各种线的功能。旧控制器与车上的线是一一对应的，并弄清老控制器上的引线功能，车上的对应线也就找到了，新控制器与车上的线对应连接即可。控制器上粗红线和粗黑线一般是电源线，有的还会有弱电开关（控制器内部继电器的电源线），一般为细红线；调速转把有三根线，一般5v电源线是细红线，负极线为细黑线，信号线为细绿或细蓝线；刹车断电线，一般低电平刹车的有2根线，高电平刹车的有1根线；电动机线，有刷电动机有2根，一般为粗黄和粗绿（粗蓝），无刷电动机线好辨认，2根主相位线分别为黄、蓝、绿色，5根霍尔线接在同一个接头上。
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有时在被替代的旧控制器上不能辨认出引线的功能，因为有一些控制器的功能引线被做成了排线，没有把不同功能的线用接插件分开，而且控制器上也不作说明（例如松正控制器），这样就需要进行测量辨认并记好。车上的转把线、刹车断电线等都是从车头上引下来与控制器相连的，打开车头仪表外壳找到调速转把的正、负、信号线，然后利用万能表的“通断”挡测量出与车腹内的线哪根相通，对应地和新控制器功能引线连接即可。同样道理找出闸把线等。
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在更换控制器时注意先使系统最小化，即新控制器只接电源和电动机，不接车上的调速转把、闸把，而是另接一个新的调速转把，这样先作调试，使电动机正常运转起来，然后再接车上的调速转把和闸把。这样做得好处是，如果电动机不能正常运转，可以很快找到问题所在，因为控制器、转把都是新的，刹车断电线还没接，需要排除的部件较少。如果把车上的调速转把和闸把全部接上，则引起车不能正常运转的因素太多，头绪太多，费时太长。
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仪表的连接。电动自行车的仪表一般是独立的，不需要控制器的支持，只要仪表的工作电压有了，仪表的电量显示，欠压显示就能正常工作（但是速度表的工作与控制器有关）。有的控制器上有给仪表供电的线，一般为细红线（正极）和细黑线（负极），但是电压还是电池的电压，接上即可；如果没有，可以从电门锁后边接一根线（正极）给仪表，再接上负极线，就可以让仪表的基本功能恢复正常。
小提示：一些智能仪表上有助力显示灯、电动显示灯、巡航显示灯。这些显示功能和控制器有联系，如果不是同型号的控制器，这些指示灯可能不能工作，但如果控制器上有相应的功能，助力、巡航等功能可正常工作。
