4、在温度与湿度条件不佳的环境下使用菌肥
一般来说，菌肥中有益微生物菌群的活性、生命力、繁殖能力与外界的温湿度环境密切相关。正常情况下，大部分菌肥中的活性有益菌可以在土壤温度5-35度、土壤湿度30-40％以上的温湿度范环境中生存，但最适合菌肥中有益菌生存与繁殖的温湿度环境是温度10-30度、湿度60％左右。注意：土壤干旱时，应当提前浇水增湿，然后再施入菌肥。
当土温低于5度以下时，菌肥中的有益菌就会无法正常繁殖活动，当土温高于35度以上时，菌肥中的有益菌就可能被高温*死，当土壤湿度小于30％以下时，菌肥中的有益菌就会出现繁殖与活性严重受抑的情况。
5、在有机质含量不足的土地上使用菌肥
菌肥中有益微生物菌的成活与繁殖，需要土壤中有充足的有机质为基础，如果土壤中有机质含量不足，就会直接影响菌肥中有益微生物菌的成活与繁殖，从而导致菌肥使用后效果不佳。
因此，在使用菌肥时，一定要确保土壤中的有机质含量较高，对于土壤贫瘠、有机质含量不足的地块，则应当在施菌肥时配合增施发酵腐熟的农家粪肥或优质有机肥的方法，以此来为有益微生物菌的成活、繁殖和旺盛活动提供良好的环境。
6、不把菌肥提前使用或不施用在作物根系周围
很多人不知道：菌肥在使用到土壤中后，一般需要15-20天左右适应与大量繁殖时间，才能在土壤中形成菌群优势且发挥出菌肥的好效果，因此，在使用菌肥时，尤其是做底肥使用时，应当注意把菌肥提前施入到田间土壤中去，这样才能发挥出更好的用肥效果。
除此之外，菌肥中的有益微生物菌对作物的种子和根系没有任何危害性，同时有益菌在作物根系周围聚集、繁殖，也更有利于作物的生长，因此，在施菌肥时，应当注意尽量把菌肥使用在接近作物根系的土壤中，这样更利于菌肥效果的发挥。
7、菌肥中菌种并不是越多越好
很多农民朋友经常有这么一种错误的认识：多种不同的菌肥一起使用或者菌肥中的菌种数量越多，那么菌肥使用后的效果就越好。
其实不然，一方面不同菌肥中的菌种可能是各不相同的，另一方面菌肥中的菌种越多不利于菌肥效果的发挥，因为不同种类的有益微生物菌之间容易发生拮抗反应，如果菌种数量过多，会导致不同菌群、菌种之间彼此互相激烈竞争氧气、氮素、有机质、空间等，从而造成每种菌的活性都不好。
一般来说，在使用菌肥时，所使用的菌种数量最多应当控制在2-3种以内，菌种类型过多可能会出现“好心办坏事”的结果。
