除以上几种菌肥的使用误区外，大家还应当注意以下几点（鉴于文章太长，在此不再逐一做详细介绍）：
1、菌肥虽然具有活化土壤养分、促进根系吸收的作用，但它不是万能肥，也不可替代化肥，只能当做辅助肥使用，把菌肥与有机肥（如农家粪肥等）、无机化肥（如氮磷钾肥料等）搭配起来一起使用效果最好，但单用菌肥的效果比较差。
2、菌肥虽然在防治或减轻作物上的多种土传病害（如根腐病、纹枯病、青枯病、根结线虫等）有较好的效果，但不能把菌肥当药物来使用。
3、菌肥在作物定植时蘸根或灌根或浇穴使用后，在10-15天内不可用使用*菌剂进行药物灌根，否则容易导致作物根际周边土壤中有益菌被大量*死。
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