20多年来，湖鲚一直在太湖的生态系统中占据“统治”地位，数量和生物量都遥遥领先。这背后也反映出了两个棘手的问题：
1，过度捕捞严重，导致鱼类呈现小型化趋势。
各类“湖鲜”都有一定的自我恢复能力，体型越大、生命周期越长的鱼类就越不容易恢复。和3~5龄才能性成熟的家鱼相比，1龄就能成熟的湖鲚显然更有繁殖优势，适应能力也更强。
不合理的渔具也加剧了小型化。长期以来，太湖渔民一直使用高踏网作为最大的捕捞渔具，当地曾有规定，高踏网只能在9月6日~30日之间才能使用。即便只放开捕捞25天，渔获量就能占到全湖的60%，低龄鱼也被一网打尽。另一种常见的渔具是鱼簖，别名“迷魂阵”，由墙网、身网以及囊网三部分构成，网眼细密，几乎等同于“绝户网”。
2，湖鲚在太湖“占湖为王”，也反映出了水质的富营养化。
湖鲚是一种杂食性鱼类，主要以浮游动物、藻类、水草等为食。当水中的氮磷含量较高时，浮游生物的密度就越高，这种饵料环境更能刺激湖鲚的爆发性增长。由此可见，“富营养化”对湖鲚的繁殖也起到了推波助澜的作用。
2016年，太湖蓝藻爆发
从上世纪80年代开始，太湖流域经济快速发展，湖泊水质开始下降，水肥的结果就是导致蓝藻水华频繁发生。每当藻类异常增殖，湖中的悬浮颗粒便急剧增多，透明度变差，水面覆盖一层“绿色油漆”，“营养病”陷入膏肓。
湖鲚太多有哪些不好的影响？
首先，小规格的湖鲚会抢占大部分的湖泊资源，不利于相同生态位下其他鱼种的生存，比如鲢鱼、鳙鱼以及太湖银鱼。其次，湖鲚兼有吞食鱼卵的恶习，数量过多不利于鲤鱼、鲫鱼等鱼类的繁殖，营养金字塔容易失衡。最后，湖鲚过度繁殖还容易导致鱼群结构的畸形化，生物多样性也会趋于单调。
