我国的城镇职工医疗保险制度，是从1999年开始建立的，按照医保制度的规定，医保个人账户的资金来源主要包含了三个方面。一是职工个人缴费的2%要全部返还；二是单位缴费部分按照30%的比例返还，但这个部分不是平均返还，而是要按照职工年龄结构返还；三是个人账户产生的资金利息。
医保个人账户的返还，不同统筹区的规定是完全不同的，目前我国的城镇职工基本医疗保险，还属于地市级统筹阶段，即使是在同一个省的范围之内，各个地市的基本医疗保险制度规定也是完全不一样的，对于个人账户返还的规定也是完全不同的。
比如按照广东省社会医疗保险办法的规定，广州市职工医疗保险个人账户的返还比例为，在岗职工年龄不满35周岁的，按照本年度本人职工医疗保险月缴费基数2%的比例返还；年满35周岁至不满45周岁的，按照本年度本人职工医疗保险月缴费基数3%的比例返还；年满45周岁至退休前(含退休延缴人员)，按照本年度本人职工医疗保险月缴费基数3.8%的比例返还；退休人员按照上年度本市在岗职工月平均工资4.1%的比例返还。
个人账户医疗保险费用的返还，主要涉及到两个因素。一个是返还的比例，另一个是返还的基数。从返还比例来看，各地的规定都有相同的地方，对退休人员有一定的优惠，也就是说退休人员的返还比例是最高的。
比如广州退休人员的返还比例要比45岁以上的在岗职工高0.3%；但返还比例高，如果返还基数低，返还的金额差距则是不大的。比如广州的退休人员虽然比45岁以上在岗职工高0.3%，但退休人员是按照上年度在岗职工月平均工资作为返还基数，在岗职工是按照本人的缴费基数作为返还，总体上在岗职工的每月返还的金额还是要高于退休人员。
事业单位工作人员退休后医疗保险个人账户的钱减少了，主要就是因为个人账户返还的基数变动而产生的。事业单位工作人员在岗时，是按照本人的实际工资来缴纳医疗保险的，虽然在职工时的返还比例要低于退休后的返还比例，但在岗时是按照本人的实际工资，也就是缴费基数来返还的，所以个人账户相对比较高。
退休后虽然返还的比例有所提高，但是按照上年度职工月平均工资，或是退休人员的月平均工资来作为返还基数，由于在职时的实际工资会高于上年度在岗职工月平均工资，或是会高于平均养老金和本人的养老金水平，即使退休后返还的比例有所提高，但返还的具体金额也会低于在岗时返还的具体金额。
另一个方面，在部分统筹区如果职工医疗保险门诊共济保障机制建立健全的地方，在职职工的返还比例只返还个人缴费的2%，单位缴费部分不再返还；退休人员基本上也是按照在职职工方式，只返还2%左右，统筹部分不再按比例返还，但是在门诊看病就医时可由统筹基金报销50%的医疗费用。
综上所述，事业单位工作人员退休后医保个人账户的钱减少了，主要是由两个因素构成的。一是退休后返还比例虽然有所提高，但返还的基数和在职时是不一样的，所以返还的金额会有所减少；二是在建立门诊共济保障机制的地方，返还到个人账户的比例只有2%，统筹部分不再返还而导致的。
