乾隆
受此影响，这一时期，仅有少量民间私建的“始皇庙”，如今浙江省境内所谓秦“会稽旧地”，包括今绍兴市上虞区惠丰镇凤鸣山下清水塘、诸暨县暨阳街道、宁波市鄞州区章水镇密岩村皇岙山、横街镇云洲乡大雷山板仓岭、象山县墙头镇大雷山大雷庙（寺）、海盐县澉浦镇秦驻山等县区；今山东境内所谓秦“琅琊旧地”，包括今泰安市泰山景区内三官庙（原为“始皇庙”，清改为道观“三官庙”）、威海市荣成市成山镇成山头“始皇庙”（目前国内唯一留存至今的“始皇庙”）；还有今广西桂林市兴安县兴安镇“四贤祠”（原为“始皇庙”）等。
荣成市始皇庙
三、历代修毁始皇庙的心态变化或许现代人会认为，秦始皇生前为自己修建祠庙、陵寝，不嫌忌讳吗？其实，生前建庙、修陵，本是古礼。只是从秦汉时起，祠庙大多于人去世后修建，相沿成礼。但帝王陵寝，工程浩大，耗费巨大，自然不能等帝王去世后再仓促修建。因此，古代帝王自即位始，就设计、修建陵寝。从这个意义上来说，秦始皇为自己修建祠庙、陵寝，属于沿袭古礼，无可厚非。秦二世提升秦始皇陵庙的祭祀规格，尊其为秦朝“祖庙”，显然是儿子尊崇父亲心态的体现。
秦二世胡亥
汉代至清代，历代官、私或建或毁“始皇庙”，都是该时期政治、历史、思想诸因素的折射。汉代人虽不遗余力地抨击秦始皇暴虐无道，但官、民对秦始皇的祭拜并未歇绝。汉高帝还专门拨出民户，守护、祭祀秦始皇陵、庙。
魏晋南北朝时期，天下分裂，战乱扰攘，人们生存不暇，自然无暇顾及诸多神灵的祭祀，在这样的时代背景下，秦始皇陵庙也遭毁弃，祭祀歇绝，也是可以理解的。
唐初一度以秦始皇暴虐失德为由，不予祭祀。地方上，也有人自发摧毁“始皇庙”。唐玄宗时，随着“开元盛世”的出现，随着大唐“万国来朝”局面的形成，无论是统治者，还是民间，胸怀愈发包容。一度被排斥的秦始皇陵庙的修建、祭祀，也被纳进国家、民间祭祀体系中。
开元盛世
宋初统治者在建国初战争频繁之际，仍秉持包容心态，将秦始皇陵庙纳入国家祭祀礼仪体系中，民间修建秦始皇陵庙、进行祭祀的风气也随之盛行。即便如此，仍有一些地方官堕毁民间私建的“始皇庙”，或改作他用。
元、清虽然皆少数民族建立，但随着伦理纲常思想对国家、社会的影响束缚日深（宋明理学的推波助澜），也将秦始皇排斥出官、民祭祀体系。民间之所以不时有自发、违禁祭祀秦始皇者，一是传统祭祀风俗强大的影响，尤其是今山东、浙江境内，因当年秦始皇巡游，遗迹甚多；二是因为普通民众慑于秦始皇陵庙所属物品屡现“神异”，如前述东汉末会稽秦始皇庙所供奉木像逆流而上、某地秦始皇庙前一棵松树“伐去复生”，让愚夫愚妇惊惶不安，进而不顾禁令，修庙祭拜。
