虽然被一汽收编了，但海南汽车自身的独立意愿还是相当强烈。在2000年前后，作为当时海南汽车集团董事长的景柱，通过老员工集资和银行贷款等方式，筹建了民营的海马汽车，并且在次年实现借壳上市A股。这个在海南汽车集团旗下的海马汽车，可以说是海马独立的一个新起点。随后海马汽车在海口重新建厂、引入生产线，在2001年仅用9个月就实现马自达MPV普力马的国产、在2002年只用了7个月就开始国产马自达新一代323车型——福美来。这两款车由于技术和设计都较新，在同时期产品中拥有相当强大的竞争力。海马汽车也凭借这两款车型从新生车企跃升为黑马。海马汽车2001年销量1.2万辆，到了2003年销量已达5.5万辆，到了2004年海马汽车已经年收入超过百亿，彼时海南汽车工业产值也占了全省的20%。
销量的暴涨让海马汽车有了更多资本和底气，这时海马想要独立的念头又开始浮出水面。一汽自然看穿了海马的心思，所以在2003年，一汽与马自达经过协商，让原本在海马投产的马自达6车型放到了长春生产。一汽拉拢马自达的为的就是牵制海马，否则让海马继续投产马自达新产品，海马铁定会走上独立的道路。
失去马自达6投产的机会，意味着海马已经付出了惨重的代价，因为没有新的马自达产品，海马也很难继续有发展。海马也明白这个道理，所以只能屈服于一汽之下。于是2004年一汽海南、海南马自达销售公司、海南汽车制造有限公司合并，成立新公司一汽海马。新公司股份中海南省政府占2%、一汽和海南汽车集团各占49%。新公司的成立也意味着海马再次被缴了枪，资源和资本都被拱手让给了一汽海马。
在2005年马自达与一汽合资成立一汽马自达汽车销售有限公司，第二年就开始国产马自达6。而马自达的左手拥抱一汽的同时右手也有了收获，在2006年马自达与福特、长安合资成立长安马自达，随后开始国产新一代的马自达3。
2006年11月，马自达正式结束了与一汽海马的合作，一汽海马正式成为弃子。海南汽车集团预感马自达会拥抱一汽，自己需要提前准备后路。于是在2005年和2007年，海南汽车集团和海南省政府将自身持有的一汽海马股份转移至海马汽车股份有限公司上，最终实现了上市公司海马汽车对一汽海马的控制。也就是说海马汽车获得了独立的权力，不用再受一汽摆布了。
