（1）花期湿度及苹果品种
苹果霉心病发生轻重与花期的湿度和苹果的品种有着很大的关系，当花期阴雨潮湿时，病害发生较重，而品种的不同抗病性也不同，主要表现在心室对病菌的抗侵入方面，例如萼筒封闭且萼心间距较大的品种心室抗病菌侵入的能力较强，病害发病较轻，比如富士系、国光系、秦冠系等品种。而萼筒开放且萼心间距较小的品种则心室的抗病菌侵入能力较弱，病害发生较重，如北斗系、元帅系等品种。而当病菌侵入心室后，不同品种间的抗病性几乎没有差异。
霉心病病果
（2）防治时期
在苹果花絮分离后、花期以及花后幼果期（谢花后一周左右）如果采取科学的喷药防治则病害较轻，而如果在花序分离期至花后一段时间内没有喷药，则会给病菌造成侵染的机会，病害发生则较重。
六、科学的防治技术苹果霉心病的主要防治关键所在就是在花期及时的喷药预防以及加强对果园的管理，还有就是在贮运期时进行防治来控制果实发病。
（1）加强果园的综合管理
在果园施肥上要增施农家肥、绿肥等有机肥，合理的施用氮肥、钾肥、磷肥以及各种中微量元素肥，以此来增强树势，提高树体的抗病能力。及时的对果树的枝叶进行合理的修剪，彻底清除各种枯枝死枝，让果园的覆盖率达到65%~70%,使树冠通风透光，透光率达到20~35，降低果园内的湿度。
（2）科学的喷药防治
喷药预防也是防治苹果霉心病的主要方式，需要注意的是喷药防治要结合果园所种植的苹果品种以及之前苹果的受害情况如何来决定是否要喷药防治，从品种上来看，元帅系品种的苹果要进行喷药来预防霉心病。从过往病史来看，如果往年在苹果采收期病果率达到3%以上，果农就要注意了，尽可能的进行喷药防治，以免病害再次发生。
喷药防治苹果霉心病在喷药时间和药剂种类也有很大的讲究，喷药的关键时期在苹果初花期、落花期的70%~80%时，抗病力强、发病较轻的品种在落花期喷药一次就可以防治，如果是重病的果园或是发病严重的品种则需要在初花期和落花期各喷一次。
常用的有效药剂有：41%甲硫·戊唑醇悬浮剂700~800倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂或500g/L悬浮剂800~1000倍液 80%代森锰锌可湿性粉剂600~800倍液、1.5多抗霉素可湿性粉剂200~300倍液、30%戊唑·多菌灵悬浮剂800~1000倍液等。
（3）贮运期防控
由于苹果霉心病在贮运期同样会发病，因此贮运期也需要采取防控措施，在果实采收后要在1℃~3℃的温度下进行贮藏和运输，这样基本能有效的控制霉心病病菌的生长和蔓延，避免在采收后果实发生病害。
