他看到在开采金矿时产生的巨大污染，便考察了全国几乎所有的全泥氰化矿山。当时国内的全泥氰化矿山，采用的都是建尾矿库湿法排放的工艺，氰化钠污染问题无法得到有效解决。
在经过仔细研究之后，郑晓廷发现污染的主要来源是滤液，经过反复琢磨推敲，郑晓廷最终创造出“全泥氰化、尾矿压滤、滤饼干堆、滤液循环”的提金新工艺。他把这种工艺命名为“全泥氰化尾矿压滤滤饼干式堆存滤液循环利用提金工艺”。这项新技术不仅解决了尾矿处理的污染问题，更被专家鉴定为“世界一流的氰化尾矿处理工艺”。
1996年，这项成果更是获得了国家科技进步三等奖，同时被列为国家“九五”科技成果重点推广项目。除此之外，他还主持完成了低品位黄金资源开发利用研究，使边界品位由1.5克/吨降至0.6克/吨，同样在1996年获得了冶金部科技进步二等奖。还开发了全泥氰化提金新工艺，使传统的锌粉置换法同碳浆吸附法有机结合，使金的回收率大幅度提高。2000年，该成果获得山东省黄金科技进步特等奖。
他还拥有了“高级经济师”职称，他主持制订了归来庄金矿“以金为主，多业并举”长远规划，金矿累计产金15.62吨，实现利税7.43亿元。
然而郑晓廷却认为，通过矿产来带动经济发展始终不是长久之计，而是应该转变为靠旅游带动经济发展，他提出建一座收藏化石和矿物为主的博物馆，通过旅游来拉动全县经济，这一想法得到平邑县的支持，2004年，天宇自然博物馆建成。他还致力于恢复矿山生态环境，在采矿场周围和废石山上覆土种树，并建成了黄金地质公园，使归来庄金矿成为全国黄金矿山中第一批国家级“工业旅游示范点”之一，也成为全国第一批绿色矿山。
黄金地质公园
而在这期间，郑晓廷也迷上了古生物研究。在2006年，他更是兴致勃勃地出版了一本看名字就很高大上的书籍《地球生物起源》。在这本书的序言中，郑晓廷说，促使其写这本书的一大原因是，“达尔文没有讲明白地球生物变化形成的真正原因”。
