巴彦淖尔作为一个地名是现代的概念，1956年，甘肃省所辖巴音浩特蒙古自治州和额济纳自治州划回内蒙古自治区，成立巴彦淖尔盟，盟政府驻巴彦浩特市，辖阿拉善旗、额济纳旗、磴口县和巴彦浩特市。巴彦浩特市政府驻地在巴彦浩特镇，即今内蒙古自治区阿拉善盟政府驻地，也就是历史上有名的定远营。
定远营之名与人们熟知的两位将军有关：一是汉代的班超。相传，班超出使西域时就曾经在此驻扎。朝廷因为班超畅通丝绸之路有功，封班超为定远侯，他所驻扎的营地便称为“定远营”。二是清代的岳钟琪。定远营1730年始建，1733年落成，始建者为时任的川陕总督岳钟琪。岳钟琪认为，此处控北塞七十二处之隘口，可西接平羌，遥通哈密、巴里坤等处，东接威城，远连“三受降城”（唐代中宗时期，张仁愿为防御突厥所建的三个城堡，即东受降城，位于今内蒙古呼和浩特市内；中受降城，位于今内蒙古包头市内；西受降，城位于今内蒙古巴彦淖尔市内），两狼山之要地。借以保障边远与内地联络畅通，安定和睦。
定远营
这是城的来历。巴彦即富的概念来自于水、来自于商贸，即发源于贺兰山的三条小溪流过这里，可以引水灌溉，亦农亦牧；商贸的概念很简单，即这里是交通与军事的要道，也是古丝路的必经地段。1958年，河套行政区、巴彦淖尔盟合并，盟府迁至磴口，2003年成为巴彦淖尔市，市府驻临河区，有了现在的1个市辖区、2个县、4个旗的行政架构。
民国时，巴彦淖尔是绥远省，是塞北四省（热河省、察哈尔省、绥远省、宁夏省）之一，省会最早在呼和浩特，后迁至杭锦后旗陕坝镇。清朝时，这里为归绥道，属山西省管辖。明朝时这里属于东胜卫，分属山西、陕西辖境元代统归中书省直辖。宋、辽、金、夏，巴彦淖尔地区东境迭次属辽、金国，西境为西夏国属地。唐朝初期属丰州辖境，后为中、西受降城境域。
秦汉时期，这里属于中原王朝与北方少数民族战争的前哨阵地，蒙恬、卫青等名将出击匈奴都是从这里开始的。当时的匈奴总会神不知鬼不觉地出现在这里，蒙恬、卫青等人就是从这里越过阴山，给了匈奴政权以沉重打击。而那句唐朝的名诗“但使龙城飞将在，不教胡马度阴山”写的就是这里。是秦朝的九原郡（秦直道的终点也在这一带），汉朝的五原郡、朔方郡。秦汉最早向边疆地区的移民就是从这里开始的，汉武帝击败匈奴后，视察边疆登上了匈奴人的单于台，其遗址就在今巴彦淖尔乌拉特后旗。
