不同的疾病，臭氧治疗的疗程时间和次数不同。同一疾病，不同的程度，所需要的治疗次数也有所差异。具体的治疗时间和次数，要根据患者的临床表现决定，并没有统一。但是，如果治疗次数太少，会导致致病微生物未能完全消除，所以病症并不能完全消除。如果治疗次数多，可能会导致患者出现臭氧过量的不良反应。比如头脑发晕，记忆力视力下降，并且还会使得皮肤产生黑斑，破坏人体的免疫系统。
臭氧治疗其实是一把双刃剑，低浓度会对人体有利，高浓度对身体产生伤害。但是，有研究表明，大部分的不良反应都是因为在治疗过程中操作不当造成的。所以，患者在应该听从医嘱，医生应该规范使用臭氧治疗的相关器械，才能使得患者完全恢复健康。
