在《水浒传》中，施耐庵每写一个重要人物，或者重大事件，都是佛道并行的。此处，试举三例以说明之。
江湖浪子刘唐得到生辰纲消息，便去东溪村找晁盖报信。但是，他并没有直接去找晁盖，而是睡在了东溪村山上的灵官殿内。灵官是道教最大的护法，而晁盖绰号托塔天王，则是佛教四大护法之一的北方多闻天王。佛、道两大护法同在东溪村，而且，以生辰纲事为线索，将这两大佛道信息串联在一起，正式启动了梁山好汉的大聚义。这段故事，表明了施耐庵的宗教倾向就是“佛道合一”。
宋江是道家紫府天罡院下派的道教天魁星，经张天师设计，假洪太尉之手放出来的妖魔魔头。但是，《水浒传》“阎婆大闹郓城县，朱仝义释宋公明”中写道，朱仝奉命前去宋江家捉人，宋太公依然拿宋江已经出籍，不会藏在家中为由搪塞。朱仝便独自一人来到宋家佛堂，摇响供床边的铃铛，宋江便从地窖中钻了出来。
朱仝为何知道宋江藏在这个所在？因为，宋江在一次喝酒时对朱仝说：“我家佛座底下有个地窨子，上面放着三世佛，佛堂内有片地板盖着，上面设着供床。”
晁盖是佛教护法，需要道家护法庇佑。宋江乃道家魔头，却供着三世佛，受佛门保护。施耐庵“佛道合一”的思想在此表露无疑。
另一个小角色菜园子张青，更是表现施耐庵“佛道合一”思想。张青原本是光明寺种菜的，因为一件小事，便*掉了寺院内所有的僧人，一把火把光明寺烧成了白地。这等恶行，与鲁智深大闹山门是一个寓意。鲁智深是大相国寺的菜头，而张青则是寺庙里种菜的，两者之间的关联不言而喻。
*掉光明寺和尚后，张青却变成了“为头是最惜和尚（金圣叹语）”之人，在三种不可害的人中，张青第一个不伤害的人就是云游僧道。所以，张青时刻挂念那个被孙二娘*掉的神秘头陀。并且，通过武松，让这个头陀复活了。在此之前，张青将鲁智深介绍到二龙山，可以说，二龙山的发达，全是张青的功劳。
张青虽然只是一个小角色，但是，他的作用不亚于晁盖，都是一代开山之主。而且，二龙山藏在宝珠寺，梁山之上的两大高僧都与之交情深厚，可谓度化了《水浒传》中的佛门高人。
其他的故事还有朱仝在佛道都有传说的盂兰盆节大会之前半个月误失了小衙内，道家天*星李逵拔掉了佛门泗州大圣祠（观音）前的香炉。张青孙二娘配合时迁火烧翠云楼，爬上铜佛寺放火，……等等。都是施耐庵写故事时的有意设计，以体现其宗教思想。
还有一笔很重要的描写，这便是晁盖中箭之前，是从法华寺出发前往夜袭曾头市的。导引晁盖中箭之人，是法华寺的两名僧人。为何一定要从法华寺出发，一定就是僧人引晁盖上当呢？前面讲了，晁盖是佛门护法，并非道家妖魔，此时，由佛家子弟度其超生上界，是施耐庵的仁心。
晁盖“升天”后，得知了道家群魔们的真实身份，每一个人原来都“上应天星”。所以，摒弃前嫌，前往大名府显圣救了宋江。
施耐庵以两代张天师这个符码，将故事全部集中在北宋宣和年间，除了其他寓意外，也是为了表达自己的宗教观念。这样写，原因还在于施耐庵的“反元”主张。
北宋灭亡，金兵占领中原。南宋崖山之后，蒙古铁骑纵横全国。作为儒家文人，施耐庵希望中原文明拨乱反正，归还“正道”。所以，虽然写的是与北宋徽宗时期有关的张天师，但却借助了大量的元至正十三岁对历代张天师加封的信息，也把元代扯进了《水浒传》。
有佛门经历的朱元璋做了皇帝后，却对佛教进行约束。《水浒传》“楔子”中，朱元璋暗中出场（朱武、洪太尉），张天师的牧童形象，也是朱元璋曾经做过放牛娃的暗讽。施耐庵是否也借此表明自己的宗教思想，对大明王朝进行劝讽呢？鲁智深是否还有更深的寓意呢？这些问题且留待今后再来讨论。
《水浒传》道高一尺，魔高一丈，施耐庵在其中的深刻寓意，是需要更深层次解读的。尽管施耐庵的思想很有其局限性，但却并非在宣扬“迷信”，而是在抒发中国古代知识分子崇尚中华文明的深厚的人文情怀。
