众所周知，“三文鱼”不是某种鱼类的科学名称，而是对某类鱼的商品俗称，由于是俗称，不同人群就会有不同理解。最初是由港澳地区的人们对英文的salmon音译而来。最初中文的三文鱼只是针对人工养殖的大西洋鲑，而后，国内鳟鱼的养殖开始发展，十几年前有些鳟鱼养殖场附近地区的餐厅也以三文鱼的名称来销售鳟鱼，由于三文鱼是俗称，没有科学定义，因此一直沿用到现在。之所以人们会对三文鱼出现争议，其原因在于，一些群体至今仍认为，三文鱼只是大西洋鲑。而另一些人则认为，三文鱼是几种鲑鳟的商品俗称，分歧由此产生。在此，把鲑鱼和鳟鱼的关系梳理一下。
在学术界，我们通常用“界、门、纲、目、科、属、种”对生物进行分类。我们常见的淡水鱼类如青鱼、草鱼、鲢和鳙都是鲤形目；我们今天讨论的鲑、鳟都是鲑形目Salmoniformes。鲑形目下面又分25 个科，鲑科 Salmonidae 便是其中与我们讨论的鱼类（鲑和鳟）最密切相关的科。鲑科Salmonidae 又可以分成三个亚科：白鲑亚科、茴鱼亚科和鲑亚科 Salmoninae，共有约220种。鲑和鳟均在鲑亚科。鲑科的分类如下：
我们通常讲的鲑鳟鱼类，指的就是鲑亚科 Salmoninae，英文的通用名为salmonids。如果从这个意义上讲，三文鱼包含了 trout 在内的整个大类，其实也是无可非议的。因此把鳟称为三文鱼（淡水/海水）也合乎逻辑。
通常，salmon 主要是指鲑科中的鲑属Salmo 和太平洋鲑属Oncorhynchus（又称为大麻哈鱼）中的一些种类。同样，trout 则也主要是鲑属 Salmo、太平洋鲑属(大麻哈鱼） Oncorhynchus中的另一些种类。鲑salmon 与鳟 trout 所包含的种类其实大部分都是重叠在相同的属内。从这个意义上讲，把鲑salmon和鳟trout作严格的区分，其实意义并不大，这也就是国内外都经常把它们合在一起统称为鲑鳟鱼类（salmon and trout）的原因。
通常，鲑 salmon 是指鲑属和太平洋鲑属中那些溯河产卵的洄游性种类，它们在河流中繁殖（产卵）淡水中生长到二龄，然后洄游到海洋中生长，成熟后再回到出生的河中繁殖，完成生命的周期。
鲑属、太平洋鲑属中的鳟鱼多数终生生活于淡水中。但问题不是绝对的，虹鳟有两种生态类型：即海淡水洄游型和淡水定居型。
三文鱼既包含了鲑属的大西洋鲑，也包含了太平洋鲑属（即大麻哈鱼）的一些种类。几个相关种类之间的归属关系和主要区别：
常见的三文鱼：包括鲑属的大西洋鲑（1种）和太平洋鲑属几种（常见有6-7种）。
太平洋鲑：是多种鱼类的称呼，虹鳟是太平洋鲑属的主要成员，与各种太平洋鲑亲缘关系最近。太平洋鲑与大西洋鲑都被称为三文鱼，多数太平洋鲑属于洄游性鱼类，主要是野生。主产地为俄罗斯勘察加和美国阿拉斯加，所有这些种类就是市场上统称的野生三文鱼。
大西洋鲑：不同于太平洋鲑，仅一个种，以人工养殖为主，主要养殖地为挪威、智利、苏格兰、加拿大和法罗群岛，属洄游性鱼类，海水养殖量大，淡水也有养殖。
尽管整个鲑科种类很多，但实际上，真正有经济价值的种类，或在我国（和国际）市场上的常见种类其实并不多，所以不混淆也容易。
虹鳟、帝王鲑（大鳞大麻哈鱼）、秋鲑（大麻哈鱼）、银鲑（银大麻哈鱼）、粉鲑（驼背大麻哈鱼）和红鲑（红大麻哈鱼）。同一行为同一种，左侧为雌鱼，右侧为雄鱼。
对于名称以类别划分，在国际上也是常见的，例如在美国所说的亚洲鲤鱼，多数是白鲢、花鲢和草鱼，鲤鱼并不多。
