很多人对国家海事局和地方海事局一直分不清，从目前的情况来说，国家海事局是隶属于交通运输部的机构，各地的直属机构和分支机构属于国家海事局直接管理，也就是平常所说的垂直管理、垂管、条条管理，这些机构的工作人员是通过国家公务员考试（国考）进行招考的。而地方海事局则是隶属于地方政府的机构，工作人员是通过地方的公务员考试，就是俗称的省考进行招考的。
国家海事局和地方海事局分设从1999年的水上安全监督管理体制改革开始的，其次改革合并中央与地方水上安全监督机构，并对水域进行了划分。
其中中央管理水域实行“一水一监、一港一监”垂直管理体制，由交通部统一领导。中央管理水域为：沿海(包括岛屿)海域和港口、对外开放水域及主要跨省、自治区、直辖市内河(长江、珠江、黑龙江)干线及港口，详见“国办发〔１９９９〕５４号”文。管理中央水域的国家海事局很多事从以前的港务局内的港务监督机构中划转过去的。
在中央管理水域以外的内河、湖泊和水库等（以下称其他水域）的水上安全监督工作，由各省、自治区、直辖市人民政府负责。也即地方政府成立地方海事局进行管理。但并不是所有省份都有地方海事局（如广东只有国家海事局，无地方海事局），也不是所有城市都有地方海事局（如厦门只有国家海事局，而没有地方海事局）。
详情可搜索以下文件了解：
1、《国务院办公厅关于转发交通部水上安全监督管理体制改革实施方案的通知》（国办发〔１９９９〕５４号）
2、广东省人民政府办公厅转发国务院办公厅关于转发交通部水上安全监督管理体制改革实施方案的通知（粤府办［１９９９］７６号）
3、《关于转发<交通部、福建省关于在福建实施水上安全监督管理体制改革的协议>的通知》（交人劳发[1999]449号）
