在64个岛屿中，以澎湖本岛面积最大，为64.24平方公里，其次是白沙、西屿（渔翁岛）二岛。面积超过1平方公里的岛屿还有虎井、吉贝、望安等8个，其余53个岛屿的面积都在1平方公里以下，其中有44个岛屿无人居住。主要岛屿澎湖本岛、渔翁岛和白沙岛，面积约为96.6平方千米，占总面积的76.1%。三岛间由白沙岛与渔翁岛之间长度为2150米的跨海大桥、中墩屿与白沙岛之间长度为500米的永安桥、马公岛与中墩屿之间长度为1007米的中正桥连结成为一岛，陆上无铁路，主要公路有4条，总长约130千米。
澎湖本岛，又名大山屿，位于东经119°32.0'、北纬23°30.5'，面积64.2（退潮时79.0）平方千米，为列岛中最大的岛屿。位于岛西部的马公市，是该地区政治、经济、文化的中心。1974年以来先后建成成功水库、兴仁水库和东卫水库，基本解决用水问题。岛上的制高点有:拱北山52米，太武山46米，纱帽山45米，奎壁山34米。海岸线全长114.52千米，海岸曲折，近海多礁石，沿岸多陡崖。其中，龙门村（良文港）至锁管港位于岛南部，海岸线长约11千米，细沙或沙、砾混合滩，低潮滩宽150～300米；山水里（猪母水）南侧润曰位于岛最南端，海岸线长约1.2千米，沙质滩，低潮时滩宽在100米以内，台湾军队经常在这两处举行实兵登陆演习。
渔翁岛，又名西屿，位于澎湖本岛西北，东经119°27.6'、北纬23°33.6'，为列岛中第二大岛，水源较充足。岛形狭长，南北长9千米，东西最窄处约1千米，面积为18.2平方千米。南端有数座标高50余米的小高地，最高点为西南部外竣村东边的58高地。海岸线长40.2千米，海岸曲折，沿岸多珊瑚礁盘。
白沙岛，又名北山屿，位于澎湖本岛以北，东经119°32.7'、北纬23°37.2'，为列岛中第三大岛，面积约14.1（退潮时25.6）平方千米，最高点为40米高的了望山（又名烟墩山）。海岸线长31.9千米，海岸曲折，沿岸多被珊瑚礁环抱，岸边风大流急。
