孔子有句名言：工欲善其事，必先利其器。笛卡尔也是懂得这个道理的，为了建立自己的哲学体系，笛卡尔提出了4条方法论原则。
第一条是：除非明确地认识到某件事情是真实的，否则绝不接受它是真的。
第二条是：把我所审查的每一个难题按照可能和必要的程度分成若干部分，以便一一妥为解决。
第三条是：按次序进行我的思考，从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点上升到对复杂对象的认识。
第四条是：对一切情况都要尽量全面考察，确保不会遗漏。
笛卡尔的这种方法被后人称为“普遍怀疑”，他要用这种方法为构建知识的大厦寻找一个可靠的出发点，就像阿基米德的名言：“给我一个支点，我就可以撬起地球”。也就是说，对笛卡尔来说，怀疑本身不是目的，而只是手段，他要用普遍怀疑去寻找那不可怀疑的东西。
笛卡尔的这句名言可谓是“全世界都知道”，但是很少有人真正理解这句话的意思，很多人都理解错了。那么，“我思故我在”这句话究竟是什么意思呢？
这就需要借助上边说的“普遍怀疑”的方法论来理解。人们一般认为不可怀疑的确定性，在笛卡尔看来都是值得怀疑的。他怀疑的对象不仅包括前人的理论，甚至连我们的感官，他都不信任。
比如说，我现在能不能怀疑我穿着厚厚的羽绒服坐在电脑面前打字？可以这样怀疑，因为实际的情况可能是我现在穿着睡衣睡在床上，眼前的情景只是一个梦。看过电影《盗梦空间》的人都知道，有时候现实和梦境是难以区分的。如果没有那个可以旋转的小陀螺，你怎么确定你现在的生活不是一场梦呢？
说到这里，很多人都会想起“庄周梦蝶”的典故，究竟是庄子做梦梦见自己变成了蝴蝶？还是蝴蝶做梦梦见自己变成了庄子？你区分这两者的根据是什么呢？
由此可见，亲眼见到的也不一定是真的，感官有可能会误导我们。你怎么知道你现在不是在做梦呢？甚至连我们认为无可怀疑的数学知识，比如前边提到的“2 2=4”，也都是可以怀疑的。“因为不能排除，它们本来就是错误的，只是上帝在创造我们时，有意把我们造得每次都犯同样的错误，觉得它们是对的；或者这些都不过是一个狡猾的妖怪精心设计的骗局。”
既然一切都可以怀疑，那么其中有没有不可怀疑的东西？如果有的话，其中不可怀疑的东西究竟是什么？笛卡尔说：
当我要把一切事物都想象成虚假的时候，这个进行思维着的“我”必然非是某种东西不可；我认识到“我思故我在”这条真理十分牢靠、十分确实，怀疑论者的所有最狂妄的假定都无法把它推翻，于是我断定我能够毫不犹疑地承认它是我所探求的哲学中的第一原理。
也就是说，思想可以怀疑思想对象，但却不能怀疑自身。我们可以对一切存在物进行怀疑，有一样东西却是不可怀疑的，那就是“我在怀疑”这件事情本身。
必须要注意的是，笛卡尔这里说的“我”不是一个物质的肉体，而是一个思想的主体。“严格来说，我只是一个在思想的东西，也就是说，我只是一个心灵、一个理智或一个理性。”
还有一点需要强调的是，笛卡尔的“我思故我在”这一哲学观点，并不是一个逻辑推论，而是建立在某种理智直观之上的。换言之，“我思”与“我在”两者之间并不存在因果关系。
“我思故我在”是笛卡尔哲学的第一原理，是他重建知识大厦的起点，其意义在于确立了自我是一个思想实体。然后他就从这个确定的命题出发，去推导其他的确定知识。
接下来，他就要去论证上帝的存在了，也可能由于从小信奉天主教的缘故，他认为每个人的心灵中都有一个明白、清楚的上帝观念。上帝的观念是一个“无限完满性”的存在。那么这个上帝的观念是由于外部的原因产生的，还是自己的思想产生的呢？
笛卡尔认为这种观念显然不可能来自于我们自身，因为我们都是不完美的、有限的，从有限性的“自我”不可能产生无限性的“上帝”。那么这个观念一定来自那个完满存在本身，也就是上帝。所以，笛卡尔就认为上帝存在。
在确立了自我和上帝的存在之后，笛卡尔又去考察物质的本质。他认为心灵是一个实体，它的本质属性是思维，不占空间，也不能分解。可是每个人不仅有心灵，还有身体，身体是物质的，于是笛卡尔认为物质是另外一种实体，它的本质属性是广延，也就是有体积，占据空间，可以分解成更小的单位。
这样一来，我们就可以说，人是两种实体的组合，身体是物质的，意识是心灵的，由此可见，笛卡尔是一个“心物二元论者”。
