穿心莲能够治疗肺热咳嗽、肺痈吐脓，咽喉肿痛等。穿心莲比较擅长清除肺经之火热之邪，凉血消肿，常常与黄芩、地骨皮、桑白皮等合用来治疗肺热咳喘。对于邪热壅肺导致的肺痈咳吐脓痰之症，可以选择穿心莲配伍鱼腥草、冬瓜仁、桔梗等一起清热消痈，化脓止咳。
穿心莲，可以治疗湿热泻痢，热淋涩痛，温疹瘙痒等疾病，穿心莲苦燥性寒，能够清热解毒，燥湿，止痢。临床上凡是湿热之邪导致的各个证均可以选择性使用穿心莲。对于湿热黄疸或者是湿热带下等证也可以治疗。胃肠湿热导致腹痛泄泻时，可用穿心莲配伍苦参、木香等一起使用，清热退湿。
穿心莲还能治疗蛇虫咬伤，对于痈肿疮毒者，可以配合金银花、野菊花、蚤休等，以鲜穿心莲捣碎外敷。对于蛇虫咬伤时，鲜穿心莲与墨旱莲合用。
有一个特殊的地方是，穿心莲煎汤剂服用时容易出现呕吐现象，不宜多服或久服。因此常作片剂、丸剂或者散剂。如果是外用则适量外敷。
