藻类是一个生态学概念，目前世界上已发现的淡水藻类约25000种，中国约9000种。藻类是池塘生态系统中的初级生产者，它能够利用光能通过光合作用合成有机物，为其他生物提供饵料来源，因此对水体物质循环和能量流动有着重要作用。另一方面，它通过光合作用产生大量氧气，对国内淡水高产鱼塘的研究表明，通过藻类光合作用产生的氧气占池塘溶氧的86%。藻类与水环境之间相互作用，能够反映水体营养盐情况，因此也把藻类作为水质监测的重要指标。
一、影响水中藻类群落结构的因素
对于藻类的群落研究，大部分是从水体中采集样品经过镜检后确定其种类组成、优势种、密度和生物量，从而得到其群落结构及多样性等变化，并探讨藻类在水体中的作用机制以及与水环境因子的相互关系等，以利用浮游生物对池塘水坏境进行监测及调控，为养殖鱼类提供良好的生长环境。不同的生物种类构成了不同的生物群落，群落的种类组成是决定群落性质的一个重要特征，鉴别物种的种类组成能够反映该群落的结构特征，是研究群落的基础指标。
目前，对水生生物多样性的分析方法主要有：香农-威尔指数、马格列夫指数和均匀度指数。一般分析时多釆用香农-威尔指数，但由于一种生物多样性指数对研究浮游生物多样性存在缺陷，导致结果出现偏差，因此在实际分析研究中，很多学者都同时使用香农-威尔指数和均匀度指数。
此外，特征色素分析法、特征脂肪酸以及一些分子微观手段例如应用DNA指纹技术也被应用于藻类群落结构的研究。
影响藻类群落结构变化的因素主要包括光照、水温、透明度、溶氧、营养盐、有机物、浮游动物及养殖模式等，不同的环境会导致藻类的种类组成表现出差异，另一方面藻类的生长繁殖也会对水体环境造成一定的影响。
