清代伊犁将军的驻地位于如今新疆伊犁霍城县的惠远古城。那时新疆的首府就在伊犁，而不是如今的乌鲁木齐。早在新石器时期乌鲁木齐就已出现人类活动的痕迹。秦汉时期如今的乌鲁木齐一带是车师国的地盘。丝绸之路开通后乌鲁木齐处于北道要冲之地。唐代在天山北麓设置庭州（下辖4个县）：如今的今乌鲁木齐即为四县之一的轮台县。1755年出征准噶尔的清军在如今乌鲁木齐九家湾一带筑垒屯兵。
驻守当地的军官在给朝廷的上书中根据古准噶尔蒙古语"优美的牧场"之意将此地称为“乌鲁木齐”。乾隆二十三年（公元1758年）随着人口增长以及屯垦、商贸需求的日益增长促使驻守乌鲁木齐的清军在如今的南门外修筑了一座土城。这座周一里五分、高一丈二尺的土城就是如今乌鲁木齐城市的雏形。乾隆二十八年（1763年）在将旧土城向北扩展后达到周长五里四分。
这一工程竣工之后乾隆皇帝将扩展后的城池命名为“迪化”。所谓“迪化”就是“启迪教化”的意思。乾隆皇帝取这个名字的本意是：启迪教化当地少数民族，使他们从此有尊王服从之心，那么自然也就不会再反叛了。乾隆皇帝给这座城市命名为“迪化”之后当地官员给朝廷的上书中仍混用“乌鲁木齐”和“迪化”这两个名字。直到乾隆三十八年（1773年）乌鲁木齐同知正式改为迪化州知州。
在此之后的近200年时间里迪化一直都是这座城市的正式名称。1878年左宗棠率军从阿古柏侵略军手中收复新疆。1884年清政府将原伊犁将军辖区改为新疆行省。新疆设省后原伊犁将军的职能被设于迪化的甘肃新疆巡抚替代。迪化从此取代伊犁成为新疆的政治中心。1885年迪化州升级成为迪化府。民国时期迪化府改为迪化市。这一时期的迪化其实应当称为新疆省会，因为从1884年以后新疆已改为和内地一样的行省建制。
