这体现了中央对自治区民族自治人权和民族特殊性的尊重。自治区首府和省会在行政上是平级的，只是为了照顾当地少数民族的特殊性才使用不同的称呼。这种对不同地区根据自身特点采用不同行政管理模式的做法其实古已有之。公元前60年汉宣帝下旨在乌垒城（今轮台县境内）建立西域都护府：正式在西域设官、驻军、推行政令，开始行使国家主权。此举标志着新疆正式成为中国领土的一部分。
汉代在治理西域时就并没在当地设置和中原内地一样的州、郡、县这样的行政管辖机构，而是设置了西域都护府这一独具特色的行政管辖机构。曹魏代汉以后在西域设置有西域长史府进行管辖。到了唐代又在西域地区设置了安西、北庭两大都护府进行管理。历代中原王朝在治理西域时出于尊重当地民族习惯的原因都对西域采取了不同于中原内地的治理模式。
唐朝在安史之乱以后形成了藩镇割据的局面，与此同时吐蕃开始与唐朝争夺西域。到了晚唐五代时期中原大地已陷入分裂状态，而同一时期的西域也形成了于阗、喀喇汗国、高昌回鹘等割据政权。结束五代十国纷乱的宋朝是一个内敛的王朝：连传统意义上以农耕为主、汉族聚居的燕云十六州尚无力收复，所以也就更不可能像汉唐时期一样开拓漠北、西域了。
中原王朝自汉代以来与西域形成的政治联系就这样暂时中断了。这一时期中原与西域在政治上的隶属关系中断了，然而彼此之间在经济文化上的联系依然客观存在。当时西域喀喇汗王朝的可汗自称为“桃花石汗”或“东方与秦之主”。在喀喇汗王朝人马赫穆德·喀什噶里在《突厥语大词典》中解释为秦是由桃花石（宋国，即宋朝）、契丹（辽朝）和喀喇汗国组成。
