这也就是说在当时的喀喇汗王朝认为他们就是中国人，中国是由当时的宋、辽和喀喇汗王朝三者共同组成的。元、明两朝控制着新疆东部地区并在此设有哈密卫；同一时期新疆中西部地区则处于察合台汗国以及由其分化演变而来的叶尔羌汗国统治之下。1680年统治着如今新疆中西部地区的叶尔羌汗国被噶尔丹的准噶尔汗国所灭。清王朝历经康熙、雍正、乾隆三代才最终平定准噶尔部。
乾隆二十年（1755年）清军攻克伊犁并成功俘获准噶尔大汗绰罗斯·达瓦齐。此后策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳一度举兵叛乱，但于1757年被清军平定，至此准噶尔汗国彻底灭亡。准噶尔部在消灭南疆的叶尔羌汗国后曾将南疆的伊斯兰宗教领袖大、小和卓扣押，清军平定准噶尔后将其释放并派波罗尼都招抚天山南路各城。阿睦尔撒纳率准噶尔残部叛乱时大小和卓乘机控制了喀什噶尔、叶尔羌（今新疆莎车）等地。
乾隆二十二年（1757年）大和卓霍集占*死清军副都统阿敏道后举兵自立。次年（1758年）乾隆皇帝发兵征讨大小和卓，在库车、叶尔羌、和阗等地与大小和卓交战。乾隆二十四年（1759年）大小和卓兵败西逃，经葱岭进入巴达克山（在今阿富汗东北部），被巴达克山首领素勒坦沙擒*。至此天山南北的西域地区再次被中原正统王朝纳入版图，乾隆因此地为清朝新得疆土故命名为新疆。
清代在中原汉地设有直隶、江苏、安徽、山西、山东、河南、陕西、甘肃、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、广东、广西、云南、贵州十八个行省（合称”内地十八省“）。除此之外清王朝在东北设有盛京、吉林、黑龙江三个将军辖区；在外蒙古设有乌里雅苏台将军辖区；在新疆设有伊犁将军辖区；在西藏和青海分别设有办事大臣辖区。清代对新疆的统治比起汉唐时期的羁縻制度已更为稳固。
