建设北部湾大学是自治区党委、政府一项重大决策部署，2011年，自治区决定依托钦州学院基础建立北部湾大学。2014年，建立北部湾大学列入了《广西北部湾经济区发展规划》。2015年，作为唯一教育类项目列入了自治区成立60周年大庆重大项目。2018年自治区决定将钦州学院管理体制由“区市共建，以钦州市为主”调整为“自治区人民政府举办”。
2007年，学校在广西高校中率先开设涉海专业，填补了广西有海洋而广西高校无海洋专业的历史空白；2011年成为广西唯一获得国家高级海船船员和国家一级渔业船员培养培训资质的本科高校。
之后几年，学校成为了全国应用技术大学（学院）联盟首批理事高校、广西新建本科院校整体转型发展试点院校、教育部学校规划建设发展中心“产教融合创新实验项目”基地院校、广西壮族自治区人民政府与国家海洋局共建高校、国家“十三五”规划建设的“应用型本科高校”项目单位，2018年学校新增成为硕士学位授予单位。
学校将立足北部湾，面向南海与东盟，服务国家战略和区域经济社会发展，建设以海洋为主要特色的工、理、管等学科相互渗透、交叉、融合的多学科体系，重点建设海洋科学、水产养殖学、船舶与海洋工程等学科。以本科教育为主，同时承担研究生培养任务，努力把学校建设成为优势突出、海洋特色鲜明的高水平应用型大学。
在此之前，不少网友把“北部湾大学”戏称为“北大”，也是各界对“北大”给予厚望。
