康熙皇帝在位的后期到雍正皇帝在位的初期，清朝又设立了川陕总督，统筹管理四川省、陕西省各地军队。例如年羹尧、岳钟琪等人，都曾经担任过川陕总督，这是康熙朝、雍正朝的特色需要设立的。到了乾隆皇帝在位的时候，清朝的外部威胁基本被铲除，清朝逐步调整了各个总督的管辖区。在乾隆皇帝在位的中期，四川总督、陕甘总督、闽浙总督等封疆大吏，基本上确立下来。
在清朝九大总督中，只有直隶总督、四川总督的情况比较特殊。其他的总督都管理了好几个省，直隶总督的地位最高，情况最特殊，因此，只管理了直隶省。到了清朝统治的末期，直隶总督一般会兼任北洋大臣，地位进一步提高。至于四川总督只管理一个省，则是四川省特殊的地形结构形成的。四川省的地形非常复杂，属于盆地结构。
早在唐朝统治时期，就出现了“蜀道难，难于上青天”的说法。在我国古代历史上，一旦中原王朝的统治崩溃，四川地区经常出现割据政权，例如成汉、前蜀、后蜀等等。由于四川省的地形复杂、交通不便，管理难度非常大。鉴于这一系列原因，四川总督仅仅管理了一个省。其实直到上世纪80年代之前，四川省各地的交通，仍然并不方便。
至于清朝在各省的驻军，很有讲究。清朝的军队分为了八旗军、绿营军，八旗军属于清朝的*主力，总兵力20多万人。一半兵力驻扎在京城附近，被称为京营八旗。另一半驻扎在全国各个省份，由各地的镇守将军管理，例如杭州将军、广州将军等等。
地方上的总督、巡抚，无权管理八旗军，只能管理绿营军。绿营军是明朝投降部队逐步改编而来，总兵力60多万，负责协助八旗军作战，总兵力几乎是八旗军的3倍。清朝在四川省驻扎了2300多八旗军，设立了成都将军，管理这些八旗军。至于绿营军，清朝在四川省驻扎了31000多官兵，由四川总督管理。仅仅在省会成都府，就驻扎了超过1万绿营军。
在清朝九大总督中，闽浙总督下辖的军队最多，超过了11万人。其次是两广总督、陕甘总督、云贵总督，基本上都下辖了七八万军队。湖广总督管理了湖南省、湖北省，这两个省都属于内陆省份。因此，两个省总计驻扎了41000多官兵。在清朝的框架结构下，四川省也是标准的内陆省份，并没有直接的目标任务。但四川省面积太大，再加上部分土司桀骜不驯。
清朝在四川省驻扎31000多官兵，非常符合四川的实际需要。由于云贵两省的地形更复杂、盘踞一方的土司更多，再加上周边政权的侵扰，清朝在云贵两省足足驻扎了79000多绿营军。
