这时候，康熙面前也有另外一个难题。那就是长期困扰清王朝的准噶尔部噶尔丹的叛乱。
这时候沙俄侵略者和噶尔丹勾结起来，沙俄支持个噶尔丹进攻蒙古的喀尔喀蒙古。
康熙面临着的问题：东北有沙俄的纷扰，西北有噶尔丹的叛乱。
谈判桌上，索尔图作为清政府的代表，在据理力争。索尔图甚至要以停止谈判为威胁沙俄代表，沙俄代表是戈洛文 。
沙俄先后提出中俄两国以“黑龙江至海为界”、“以牛满河或精奇里江为界”和“以雅克萨为界”三个侵略性的方案。都被索尔图严词拒绝，谈判一时陷入僵局。
经过半个多月的谈判，双方达成协议，在康熙二十八年七月二十日正式签署了中俄《尼布楚条约》。条约有满文、俄文、拉丁文三种文本。
中俄《尼布楚条约》明确规定了中俄两国的东段边界，从法律上肯定了黑里和乌苏里江流域广大地区是中国的领土。
沙俄也在事实上承认了侵略黑龙江地区为非法，并且把沙俄侵占的一部分领土还给中国。
而沙俄也将中国让予的贝加尔湖以东的尼布楚纳入了沙俄的版图，把乌第河与外兴安岭之间的地方划为待议地区。
沙皇彼得大帝对戈洛文的摊牌结果非常满意，对戈洛文进行嘉奖。
康熙对谈判结果也表示满意，要尽快结束东北的边境冲突，击中力量对付噶尔丹的叛乱，维护西北边疆的安定，维护国家的统一。
《尼布楚条约》是一个平等条约，中国政府做出了让步的结果。条约的签订为中俄两国关系的正常化奠定了基础。维护了中国领土的完整，是的中国东北边疆获得了较长就的安宁。
康熙也能有更多的经历来解决西北噶尔丹的叛乱问题了。最终，噶尔丹被康熙战败，服毒自*。
康熙在世的时候，对西方殖民者和沙俄一直抱有戒心。经常“巡查外界”。在《尼布楚条约》签订两年后的1691年，康熙再次打破古北阅兵。古北口在今天北京密云古北口镇。
阅兵的那天晚上，碧空朗朗，月上梢头，湛蓝的苍穹显得格外空阔，清幽的月光特别清澈。康熙一时诗兴大发，吟诵了一首七绝。
前两句“桂树清光挂碧月，云开万里塞无烟。”是写景，烟是指烽烟，暗示的是边境的安宁和巩固。后两句“远人向背由敷政，惟在筹边与任贤。”
仪式是外族人拥护我们还是反对我们，在于我们自己的政治措施，其中最重要的是妥善谋划边防和任用咸菜。康熙对当时的形势做了正确的分析。
