明军以塞下诸王与长城以北的军镇为基础，时常派兵数万，对蒙古人进行“清沙漠”和“搜剿”，并且取得了良好的效果。其中。以燕王朱棣的表现最为突出。从此蒙古势力远遁，近边再无敌骑。
二、靖难之役
封国制度是有效的，但是其副作用也是极大的。与皇帝同姓，并拥有军队和领地的藩王，永远是中央政权的大敌。在历史上，西汉和西晋都曾爆发过大规模藩王造反的事件。但朱元璋认为，只要皇帝知“敦睦九族隆亲亲之恩”，诸王知“夹辅王室以尽君臣之义”，封国制度就是最好的制度。然而历史的发展证明，朱元璋实在太高估血统和亲情的作用。在至尊的权力面前，无论多么亲近的血缘，到最后都只是儿戏。用伦理道德而不是制度，去制约人类自私而贪婪的本能，最终总是要碰壁的。
朱元璋去世，皇太孙朱允炆即位，他在一些文臣的撺掇下，开始对国内诸王进行“削藩”政策。在形势的逼迫下，更在自身野心的驱使下，燕王朱棣悍然造反，以清君侧为名，发动了历史上著名的“靖难之役”。
为了加强自身力量，朱棣尽量将延边备胡的边兵搜罗入麾下。由于边兵大多参与内战，明朝北方的国防实力受到了极大削弱。其中，以大宁镇的极度衰弱最为典型。1399年，朱棣将宁王朱权连同他属下军民，一并迁入内地，而由朱权镇守的大宁也因此成了空城。大宁的存在，对蒙古封建主们具有极大的震慑作用。然而在靖难之役后，大宁因为缺乏兵民而被迁入内地。而大宁故地，也为兀良哈三卫所占据。
在靖难之战中，河套的重镇东胜卫也被放弃。河套地区依山傍河，便于防守。控制河套还能有效控制高阙，能够随时对北方游牧民族进行反击。占据河套，就像往游牧民族的心窝里*一把尖刀。明初，朱元璋在唐朝受降城附近建立了东胜卫，成为明朝西北地区边防体系中的重点。然而东胜卫偏远，经济相对落后，需要后方的大力供应。随着靖难之役的爆发，东胜卫失去了后方的支援，遂变得逐渐衰落。1403年，也就是永乐元年，东胜卫被迫内迁。河套的丢失，最终给大明朝带来了严重后果。
朱棣登基后，明朝北方诸王逐步被迁入内地。与此同时，失去藩国依托的卫所也大量迁入境内。在朱棣的时代，明朝的国境线已经开始南移，其原本的大本营北平也因此失去了屏障。
北平，也就是今天的北京，在明代前曾是辽金元等游牧王朝的首都。该地处于华北平原、蒙古高原以及辽东半岛的交界处，是农耕民族与北方游牧、东北渔猎民族重点争夺地区。北平对于诸蛮族来说，是其夺取中原的重点地区。依托北平的资源和地利，蛮族骑兵可以横行于华北平原，而中原政权只能选择退入水网密布的江淮进行防守。所以从国防的角度看，北平的得失关系到明朝的生死存亡，必须重点防守。
此时摆在朱棣面前有两个选择：一、将北平交由最得力的将领进行防守；二、迁都北平，天子守国门。第一种方案之所以不可行，是因为很难保证北平守将就一定不会造反，毕竟有安史之乱殷鉴在前。所以，明朝别无选择，只能选择迁都北平，亲自保卫国家的安全。
