于是，东厂后来居上，和锦衣卫的关系逐渐由平级变成了上下级关系。宦官干政严重的时期，锦衣卫统领见了东厂统领得礼让三分，甚至要下跪叩头。
著名太监王振、刘瑾、冯保等人都曾统领东厂。魏忠贤权倾朝野，亲任东厂提督，锦衣卫的都督则是他的干儿子田尔耕，宦官专权达到登峰造极的地步，“厂卫”特务更是空前嚣张。
东厂自设立后一直存在，直至明朝灭亡。
西厂西厂的成立，有个特殊背景。
成化十二年(1476年)，京城出现了"妖狐夜出"的神秘案件。接着有个妖道李子龙以旁门左道蛊惑人心，甚至在朝中拥有不少粉丝，进而轻易深入内宫，被锦衣卫发现诛*。
年轻的宪宗朱见深大为震惊，就想掌握宫外的信息，于是令宦官汪直从锦衣卫中选人乔装成平民，出宫伺察。汪直搜罗了不少所谓的"秘密消息"，使得宪宗十分满意。
由此，第二年(1477年)，宪宗下令成立新的内廷机构--西厂，以汪直为提督。
西厂的骨干仍然主要从锦衣卫中选拔，这些人再自行选调部下。短短几个月内，西厂人员倍增，而且权势一度超过了前辈“东厂”。
西厂成立的本来目的，是为皇帝刺探宫外民情。但汪直为了升官发财，故意捕风捉影，构陷大案、要案，随意抓捕，严刑逼供。使得朝野上下，人心惶惶。
于是，内阁大学士商辂等人上疏，历数汪直的十大罪状，要求革除西厂。宪宗被迫撤销成立不到半年的西厂。
然而有奸臣得知宪宗的心思后，很快主动上书大谈西厂存在的意义，建议恢复西厂。
宪宗大喜，就在西厂被撤一个月后下旨恢复。
汪直复出后，变本加厉，严酷地办案，打压政敌，权势极度膨胀，甚至引起了皇帝的警觉。
因而在后来的权力斗争中，汪直落败，西厂也随之再次解散。
约二十年后，武宗在位期间，大太监刘瑾专权，宦官势力再度兴起，西厂得以再次恢复，宦官谷大用者出任西厂提督，权倾一时。刘瑾倒台后，武宗下令撤销西厂。
从此，西厂作为一个短期存在的特务机构，也就从历史上消失。
大内行厂明武宗时期，大宦官刘瑾专权，于是设立“大内办事厂”，简称大内行厂、内厂，刘瑾亲自统领。
此前，锦衣卫、东厂、西厂并立，明争暗斗。刘瑾专权时期，“厂卫”的首领都是刘瑾的死党，因而合势，特务遍天下，滥捕重刑，朝野视之如虎狼。
刘瑾倒台被诛后，短暂存在仅约十年的内行厂也被撤销，就从历史上消失。
小结：
明代皇帝设立“厂卫”的主要目的，是监视、侦查官吏的不法行为，了解民情舆论。这个出发点是好的。
例如“东厂”大堂高悬有大幅岳飞画像，以提醒办案人毋枉毋纵，堂前还有一座"百世流芳"的牌坊。
然而，在实施层面，却逐渐背离了这个初衷。
在遏制官吏腐败、加强皇权统治方面，“厂卫”在建立初期起到了一定的客观效果。
但是后来，尤其是宦官干政，成立东厂、西厂、内厂之后，“厂卫”缺乏权力限制，执法犯法，为了邀功请赏而扩大牵连范围，罗织罪名，刑讯逼供，手段极其残酷，人为制造了大量冤假错案。
