秦孝公十二年（公元前350年)，迁都咸阳，并第二次下变法令。主要内容包括:一，实行县制，废除分封制。将全国分为若干个县进行有效的统治。二，实行什伍制度。居民登记户籍，五家为一伍，两伍为一什。实行连坐制度。即“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏，匿奸者与降敌同罚”。新法令废除“井田制”，实行土地私有制。准许民间买卖田地。此外，还统一度量衡等。公元前342年，秦国变法成效显著。
公元前340年，商鞅率领秦军战胜魏国军队，并以此战功受封於商（今陕西商洛东南）十五邑，号称商君。但是商鞅变法，侵犯了旧贵族们的利益，因此遭到了旧贵族们的强烈反对。秦国太子太傅傅公子虔和公孙贾还教唆太子驷驱逐商鞅。由于秦孝公的大力支持，变法才得以推行。秦孝公死后，太子驷继位，公子虔等以反叛的罪名诬陷商鞅，商鞅走投无路，战败而亡，死后被车裂。后来秦惠王和他的子孙仍继续实行商鞅的新法，使得秦的国势继续增强，为后来消灭六国，一统天下奠定了坚实的基础。
商鞅变法的好处:废井田、重农桑、奖军功、实行统一度量和建立县制等一整套变法求新的发展策略，不得不说比较成功，秦国变得逐渐国富民丰，兵强马壮，积蓄了与其他诸侯国一决高下的资本，为秦国后来争霸天下打下了良好的基础。最大的好处就是统一了国家。
商鞅变法的弊端是：一，重农抑商，导致整个民族的民主意识弱化，尤其到了后期，严重阻碍了工商业的发展。二，“什伍制”和“连坐”法，使人民互相监视、互相告发，使全体人民时刻处在互相猜疑的恐怖之中。三，扼*人才本土化。商鞅变法导致秦国的百姓不是种地就是当兵打仗。秦国名将很多，但是治国人才却只能从其他诸侯国引进。商鞅本身就是士子，却把秦国想通过读书成才这条路完全给堵死了，这也是商鞅变法最为致命的弊端。
