一、黄腐病
1、症状子实体初期易出现黄褐斑病，随后扩展到整个菇体，菇体停止生长，最后变黄、变软、腐烂。这是由细菌类假单胞杆菌引起的病害。
2、发生条件高温(20℃以上)、高湿、通风不良时极易发生。主要是通过水来传染，当子实体含水量过高时易发生。
3、防治方法
①、在出菇期间，当温度高于18℃时，切勿向子实体喷水，只能向地面和四周墙壁上喷水来增加湿度。
②、出菇期间，要加强通风换气管理，避免出现高温、高湿环境。每次喷水后，结合进行通风换气管理，降低菇体表面上水分，可防止细菌性病害。
③、出现病害后，及时摘除病菇，加强通风换气管理，防止传染其他菇体。
二、枯萎病
1、症状杏鲍菇幼菇生长停止，萎缩死亡，最后变黄、腐烂。出现这种现象，主要是高温(22℃以上)引起幼菇死亡，最后出现细菌感染，变黄并腐烂。
2、发生条件子实体生长期间，将温度控制在10—20℃之间，最高温度不得超过22℃。高温时采取降温措施。幼菇枯萎死亡后，及时摘除，防止细菌繁殖，菇体腐烂，引诱害虫取食繁殖，出现虫害。
三、畸形菇
1、症状子实体长成不规范形状，即为畸形菇，从而降低商品价值。
2、发生原因子实体生长期间，遇到22℃以上高温，抑制了菌盖分化和发育。此外，空气相对湿度低于70％时，也易长成畸形菇。
3、防治方法合理安排出菇季节，将出菇温度控制在13—20℃之间，避免在20℃以上出菇。子实体生长期间菇房内空气相对湿度保持在80—90％之间，满足子实体生长发育所需水分条件。适时开口出菇，加强通风换气管理，保持菇房内空气新鲜，避免二氧化碳浓度过高。
另外，出菇时菌丝旺长子实体萎缩或黄化死亡这是菇棚内温度突然升高所致。在出菇阶段，菌丝、子实体都在生长。在正常情况下，这两种生长达到动态平衡。决定这一平衡的关键因素是温度。相对较高的温度有利于菌丝生长，而相对较低的温度有利于原基的分化。突然升温，打破了原有的平衡，使营养生长即菌丝生长占了优势。在营养、水分一定的情况，供给菌丝生长的营养、水分多，供给子实体的营养、水分就少了，严重时子实体营养倒流，在外观上表现出子实体萎缩，甚至枯黄死亡。
