种子生理上把干燥种子吸水到种胚突破种皮的过程看成是萌发，而从种子技术的角度是指种胚恢复生长，并长成具有正常构造幼苗的过程。
种子萌发过程分为4个阶段:
- 吸胀(Imbibition)
吸胀:是种子萌发的起始阶段，种子吸胀作用并非活细胞的一种生理现象，而是胶体吸水使体积膨大的物理作用。
吸胀是物理过程，无论是死种子，还是活种子，都能发生吸胀过程。伴随吸胀过程，种胚活细胞内部的蛋白质、酶等大分子和细胞器等陆续发生水合活化，呼吸强度持续增加。而死种子虽能吸胀，但已经丧失活化和修复能力。
南瓜子露白
- 萌动(Protrusion)
种子萌发的第二阶段，种子在最初吸胀的基础上，吸水一般要停滞数小时或数天;吸水虽然暂时停滞，但种子内部的代谢开始加强，转入一个新的生理状态;在生物大分子、细胞器活化和修复基础上，种胚细胞恢复生长;当种胚细胞体积扩大伸展到一定程度，胚根尖端突破种皮外伸，称为种子萌动，在农业生产上俗称为“露白”。
种子萌发过程水分吸收的典型模式
- 发芽(Germination)
种子萌动后，种胚细胞开始或加速分裂和分化，生长速度显著加快，当胚根、胚芽伸出种皮并发育到一定程度，称为发芽;新陈代谢极为旺盛，产生大量的能量和代谢产物，如果氧气供应不足，易引起缺氧呼吸，使种胚窒息以至中毒死亡;若催芽不当，或播后受到不良条件的影响，如播种后土质黏重、密度过大或覆土过深、雨后表土板结，种子萌动后会因无氧呼吸，生长停滞，幼苗无力顶出土面，而发生烂种和缺苗现象。
- 幼苗的形态建成(Seedling establishment)
子叶出土型
发芽时，下胚轴显著伸长，初期弯成拱形，顶出土面 后下胚轴逐渐伸直，胚与种皮脱离，子叶迅速展开， 见光后迅速转绿进行光合作用，从两子叶间的胚芽长出真叶和主茎;少量单子叶植物(葱蒜类)和90%的双子叶植物。
子叶留土型
发芽时，上胚轴伸长露出土面，随即长出真叶而成幼苗，子叶仍留在土中与种皮不脱离，直至内部贮藏养分消耗殆尽，才萎缩或解体;大部分单子叶植物，小部分双子叶植物(蚕豆、豌豆等)。
种子子叶的留土萌发和出土萌发
种子的萌发条件内部生理条件和外部环境共同作用
只有通过休眠或无休眠且具有生活力的种子，在一定的适宜条件下才能正常发芽和成苗。种子萌发适宜的环境条件包括充足的水分供应、适宜的温度和氧气供应。水分是种子萌发的先决条件。种子水分吸收速率和吸收量，主要受到种子化学成分、种被透性、外界水分状况和温度的影响。种子的吸胀损伤:有的种子如大豆、菜豆， 本身种皮较薄，蛋白质含量高，吸水力强，如果种子吸胀速率过快，细胞膜就无法修复而且出现更多的损伤，物质外渗加剧，种子发芽成苗能力下降，这种类型的损伤称为吸胀损伤(soaking injury)。
