当然了，它也有一定的缺点，比如说除草剂和病虫害的问题，免耕地上杂草丛生，化学除草剂的使用也不可避免，就很难避免留下化学残毒的问题，此外，由于大量秸秆残茬的覆盖也会滋生一些害虫和病菌，产生土传病害。
为什么不耕地庄稼还能长好？正所谓“落红不是无情物，化作春泥更护花”，作物的残体也是碳的来源，充足的碳源能为众多的微生物提供食物、平衡生物菌落、使土壤更疏松，有利于作物的生长。此外，土壤表层因为有秸秆残茬的覆盖，减少了地表径流和水土流失，养分也会储存在土壤中。
不仅如此，覆盖物就像一床被子，能很好地调节土壤温度，白天能挡住太阳的高温辐射，晚上能保暖，降低了昼夜的温差，为作物提供了一个舒适的环境；
另一方面，免耕种植还能防止土壤板结，因为大大减少了农业机具通过土地的次数，使土壤压实情况减。最重要的一点是，免耕种植还能起到保护环境的作用，有着地表覆盖物的存在，能极大地减少因强风或强降水引起的风沙扬尘和水土流失，改善了土壤组织结构，保障土壤的肥力和水分，起到了防风固土、保护环境的作用。
比如，在1935年4月，美国中西部平原地区就爆发了严重的沙尘暴，深色尘土满天飞，黑压压的一片盖过了城市的上空，在大风的助力下这场沙尘暴席卷了俄克拉何马州和得克萨斯州，导致城市遭受严重破坏，民众流离失所，造成了巨大的经济损失。
后来，美国政府将降服黑风暴的办法放在了土地上。
第一步，提出少耕、免耕等保护性耕法；
第二步，机械化免耕技术和保护性植被覆盖技术同步发展；
第三步，全面开展免耕种植，面积占全国耕地的62%，从此再无沙尘暴的威胁。
