截至清朝嘉庆皇帝在位时期，东北地区的总人口只有100余万人。清朝在东北地区并没有推行行省制度，而是让辖地将军负责管理各地的军政事务。东北地区设立了黑龙江将军、吉林将军和盛京将军，各自管理大片的区域。当时，黑龙江将军的将军府，就在齐齐哈尔。
由于没有地方官员和各级区划，朝廷对东北地区的掌控能力很低。例如东北地区的耕地、矿产等情况，清朝并不完全清楚。在清朝统治的前期，依靠强盛国力的支撑，这些问题并不明显。进入清朝统治的后期，西方列强对清朝发动了一系列的战争，例如鸦片战争、甲午战争等等，清朝一败再败。西方列强开始染指资源丰富、土地肥沃、地理位置重要的东北地区。
尤其是沙俄和日本，为了争夺东北地区，1905年，爆发了日俄战争。为了加强对东北地区的管理，1908年，清朝在东北地区组建了奉天省、吉林省、黑龙江省。与此同时，为了扩大东北地区的人口，清朝放开了原来的政策，华北各省的百姓，开始大批量进入东北地区，直接刺激了东北地区的经济发展。
黑龙江省组建以后，省会设立在齐齐哈尔，就是黑龙江将军原来的驻地。那么，同时期的哈尔滨怎么样呢？当时，清朝虽然组建了东北三省，但清朝东北三省的区划与当代东北三省区划，存在根本的差异。那个时候，哈尔滨等地隶属于吉林省管理，而不是黑龙江省。
据《哈尔滨考》考证：哈尔滨来源于女真语"阿勒锦”“哈喇宾""哈喇宾忒"，翻译为汉语，即光荣、名誉等意。1899年，清政府编订的《黑龙江舆图》记载，当时在哈尔滨一带已形成了近百个村落，大体分为三部分：田家烧锅、秦家岗和埠头。田家烧锅周围有200余户人家，约1200余人。1903年，中东铁路通车以后，哈尔滨迅速成为了重要的铁路、水路枢纽。
1898年至1903年间，俄国先后在田家烧锅地区修建了30多条街道，各类机关、工厂、商店、货站、银行在哈尔滨如雨后春笋般涌现。根据《远东报》1911年7月21日载：“现据本埠铁路局之调查，哈尔滨59 677人。随着中东铁路的修建、通车，一声声汽笛声唤醒了这块女真人撒网渔猎的土地，至此开始了它繁荣的崛起之路。
1912年，已经统治了200多年的清朝灭亡，我国进入了军阀混战的阶段。按照统计，1922年，哈尔滨市的人口已经超过了38万人。哈尔滨的快速崛起也对齐齐哈尔造成了巨大冲击，东北北部中心城市开始向哈尔滨转移。1931年9月，日本军队发动了九一八事变。
在半年多时间内，日本军队逐步占领了东北全境。为了加强对东北地区的控制，日本军改变了东北地区原有的三省区划，先后出现了东北14省、东北19省的区划格局。1945年，日本战败投降以后，当时的政权调整了东北地区的区划，出现了东北9省的区划。
