历史上的泉州南少林寺是一个庞大建筑群，共有十三进落，东至东岳山麓，西至东门护城河，南至东湖，北至伊斯兰墓地。自唐宋元明清以来，历经沧桑巨变，几度兴废，现存的仅为当年的一小部分，但史迹犹存。
证明泉州少林寺为正宗“南少林”的依据是明嘉庆年间晋江人蔡永兼的《西山杂志》，该*载：“以救唐王闻名的嵩山少林寺十三棍僧之一“智空入闽中，建少林寺于清源山麓，后十三落，闽僧武派之始焉”。
泉州市少林寺遗址也曾经考古发掘出大量唐宋时期南少林寺的建筑构件和药碾槽、宋瓷花瓶等珍贵文物，在泉州南安石井镇埭头村的颜岗寺还发现了一处“南少林五祖”之一的墓塔，为“南少林发源地在泉州”的说法再添了重要左证。目前的泉州市南少林寺为1992年在原址上重建。
六、官渡少林寺
官渡少林寺，也称妙湛寺，是官渡古镇的“六寺之首”，历史人文底蕴深厚，始建于元代，后因被水淹倒塌，1325年迁建于现址古镇的中央。
