莆田少林寺前身为林泉寺，始建于南朝陈永定元年(557年)，该寺于清初被清兵焚毁，莆田少林寺据传也是唐初因十三棍僧救唐主有功，太宗皇帝特敕少林昙宗方丈，在南方所建。
上世纪八十年代，莆田县在文物普查中发现了这座湮灭了几百年的寺院遗址，后经文物专家遗址考古发掘，发现了5个刻有“僧兵”、“诸罗汉浴煎茶散”等文字的北宋大型花岗岩石槽，据考证，只有少林寺才能冠之以“僧兵”二字，有口重达数千斤的宋代石槽，槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，专家推断这是少林寺僧兵治疗外伤捣药用的石槽，据此推测此遗址可能是南少林寺遗址。
1992年4月，莆田市在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现“南少林寺”遗址。1998年末，重建的莆田南少林寺正式对外开放，大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼等建筑巍峨壮观，金碧辉煌，周围的古竹寺、霞梧院、九莲岩等大小寺院环绕，形成颇有气势的寺院群落。
五、泉州南少林寺
泉州少林寺，亦称南少林寺，又名镇国东禅寺，坐落于风景秀丽的清源山东麓，始建于唐朝，兴盛于两宋，相传是中国南方武术之发源地，至今已有上千年历史。
