在天牢内，嬴政故意向不韦讲出自己真正身分，不韦差点被气死，嬴政再赐他饮毒酒，最后不韦死不瞑目。嬴政要奖赏少龙，少龙只好婉拒，见赢政得意忘形的模样，心情复杂。
嬴政为引嫪毐回来，将他与朱姬的儿子吊在宫中广场，朱姬跪地哀求嬴政也无动于衷。太丧心病狂了，然后嫪毐出现，嬴政在二人面前将绳索斩断，婴儿活生生地挞死，嫪毐与朱姬痛不欲生，受不了，最后双双自*，少龙想救却无能为力，悲愤交加。琴清气急败坏奔出，指廷芳留书出走，少龙慌忙追出。原来廷芳自觉非清白之身，配不上少龙，少龙向廷芳表达爱意，廷芳却无动于衷，少龙焦急之下说出了“ILoveYou”，更配合身体语言，廷芳被其深情打动。
少龙抱着琴清和廷芳共赏落日美景，善柔突然出现，悄悄地向少龙示爱，少龙顿时不知怎么办。嬴政以一半江山及师徒情义试探少龙，少龙心知伴君如伴虎，不心动，嬴政见少龙心有决定。少龙带二女等离开咸龙阳君城，赫见王翦率兵守在城门阻拦，少龙心下一沉。少龙等顺利返回乌家堡，即接报嬴政亲率大军来捉少龙，少龙吩咐众人躲进赵雅的衣冠冢内，自己欲与嬴政来个同归于尽，琴清和廷芳猜到其心意，誓要生死与共……
《寻秦记》古天乐扮演的项少龙最后跟乌廷芳和琴清在一起了，项少龙举家归隐去了塞外，结局中乌廷芳为项少龙生了个儿子，琴清也有孕在身，一家人十分幸福。
在最后的一幕中项少龙的儿子阿宝，他对着项少龙说，我要做一个大英雄，想改一个威风的名字，我要像天上的大雕一样自由自在在天上飞，我要叫阿羽，项少龙马上反应过来项羽，追着儿子，要儿子再改一个名字，因为身为现代人的项少龙知道项羽没有好结果。
秦青是项少龙现代社会的女友，琴清则是秦国才女，后来做嬴政的老师，和项少龙一起辅佐过程中相互产生情愫。乌廷芳敢爱敢恨，爱上项少龙后却遭到对方拒婚，于是远走他乡却遭到嫪毐强暴，最后结局是乌廷芳和琴清都嫁给了项少龙，过着隐居避世的幸福生活。
