如此大量的抽水，还能保证基坑稳定，并长期保持100%净水成功的案例，在此前世界范围内都很少，可参考技术资料更少。为突破此项难题，2013年济南轨道交通集团联合上海交通大学、山东省地矿勘察研究院、山东大学等国内顶尖的从事相关方面研究的科研机构，集中攻关。
功夫不负有心人，在两年多的反复论证和无数次的实验后，此项技术得到了突破，为全世界解决了一个超级难题。
类似难题在R1线的修建过程中并不少见，但攻克了这个母题，剩下的问题都有了参照的模板，保证R1线在保护泉水的条件下能顺利修建，在2018年4月全部完工。而泉脉也得到了良好的保护，济南仍然是那座泉城。
除此之外，防水也是修建过程中的一个大难题。人防工程有句名言：“十隧九漏”，由此可见地下人防工程的防水难度非常高。即便是刚建成不漏，过个几年十有八九也开始漏水了（防水材料老化失效）。
济南由于地下水含量大，防水处理更加重要，处理不得当就是“豆腐渣工程”。而R1线在传统的柔性防水和刚性防水的基础上，采用了架空、夹壁墙等多种更先进的防水处理，最终使得防水等级达到了最高的一级防水，来满足济南的特殊需求，以保证R1线的施工质量。
在R1线的高架部分施工难度也不小，R1线途径济广高速高架桥，高架下有海棠路，是一次三层立体施工，此前在世界范围内也属少见。而R1线的25米大高架最终采用了挂篮现浇混凝土的方法施工，简单来说就是整个施工作业面像一个篮子一样,用架子挂起来。相当于做了一个封闭的棚子,用钢板固定起来,四周构成一个“封闭空间”。这种施工作业方法确保了工程材料不会掉落到高速路面和地下的海棠路上，威胁路面通行。
R3线一期线路
