①土壤环境不适
如果苹果种植地的土壤过于酸化板结重、有机质含量过低，容易造成造成果树根系发育不良、土壤中的钙元素被大量固定，进而造成苹果缺钙诱发病害，尤其是有机肥使用量不足、偏施氮肥的地块，更会严重抑制果树根系对钙的吸收，加重苹果水心病的发生。
②施肥不当与营养失衡
不同种类的养分元素互相之间存在相互促进与彼此拮抗的关系。从苹果水心病发生原因来说，在施肥时，如果土壤中的氮、钾、硼、镁、钠等元素含量过高，比如说叶片与果实的含氮量过高、钙的有效性低等，就会降低土壤中可溶性钙的有效性、抑制苹果对钙的吸收，钙营养不足就容易诱发苹果水心病。同时，有机肥对果树根系从土壤中吸收钙营养具有促进作用，如若果园长期大量使用大化肥、不使用有机肥或有机肥使用量不足，也降低苹果对钙的有效吸收。
除此之外，如果果园施肥不足会削弱果树的树势，树体营养缺乏会抑制酶的合成与活性，进而导致苹果果实组织内部的山梨糖醇无法被转化吸收，进而导致果肉细胞间的水分、果糖、和山梨糖醇不断大量聚集积累，从而造成果肉组织出现水浸状、半透明以及部分组织糖化的症状，从而诱发苹果发生水心病。
备注：正常情况下，苹果果实韧皮部的山梨糖醇会在酶的参与下转化成果糖和碳水化合物而被果肉细胞吸收，同时山梨糖醇作为活性渗透物质也可以吸收果肉细胞间隙的水分。此外，苹果钙营养充足，不仅能够促进果实内部山梨糖醇的正常代谢，也能够增强果实内部细胞壁组织的强韧度，从而减少细胞液中水分的外渗量、从果柄部位合成足量的草酸钙阻止韧皮部的山梨糖醇进从树体进入到果实内部。
③钙吸收受抑或钙不足
苹果几乎整个生育期内都需要钙的参与，缺钙是诱发苹果水心病最主要的原因，氮钙比失衡、钾钙比失衡也是重要原因之一。
除了上面所说的土壤酸化板结、有机肥使用不足、有机质含量低、养分拮抗作用等抑制苹果根系对钙的吸收原因以外，钙本身在各类元素中属于惰性元素，移动性差、易被固定，而且钙一旦以不可溶的钙盐沉淀固定下来，基本上就不能再流动或被再利用，再加上长期种植苹果的地区对土壤中的钙消耗量比较大，如果基肥时不及时足量的补充钙肥、生育期内又不能分次喷施含钙叶面肥补充钙营养，尤其是果实采收、果树落叶后会带从树体上带走大量的钙，就会导致苹果缺钙越来越严重，就会不断加重水心病的发生率。
④高温干旱
钙是惰性元素，在果树体内主要依靠蒸腾拉力来由下向上流动运输，而在果实发育期时温度比较高、水分蒸发量比较大，同时果实膨大发育时又需要大量的水分供应， 如果此时树体水分不足就会降低树体叶片的蒸腾作用，导致根系吸收的钙营养无法正常输送到果实上，从而引起果实缺钙发生水心病；现在果实套袋是果园管理应用比较普遍的方法，而套袋又会加剧叶片与袋内果实对水分的竞争，还会削弱果实对钙的吸收利用率，如果套袋前和摘袋后又没能及时补充钙肥，也容易造成果实缺钙发生水心病。
除此之外，在苹果成熟期时，此时温度高、光照强，树冠外围的果实长时间露在高温强光下暴晒，高温强光不仅会加重钙的流失，而且容易发生日灼，也会导致果实表层细胞大量渗透出细胞液，使果肉细胞间隙中大量积累水分，也容易导致水心病的发生，在这一点上来说，采收晚的果园、树体南侧的果实发生水心病的概率会比较高一些。
⑤昼夜温差过大
在昼夜温差大的苹果种植区，白天温度高，夜间温度降温快、温度低，昼夜温差大，会导致果实中的的山梨糖醇正常代谢和碳水化合物运转受抑，造成果实中的山梨糖醇既不能吸收细胞间隙中的水分，也不能正常转化为果糖被果肉组织吸收，反而导致果实细胞间的山梨糖醇和细胞液大量的积累，进而诱发苹果水心病，昼夜温差越大的地区，苹果水心病的发生情况就越重。
