然而好景不长，自上个世纪七十年代，华北平原遭遇了近半个世纪的干旱，降水量持续减少，加之城市化过快发展，人口急剧增加，工农业生产规模不断扩大，用水量激增，使得原有的河流汛期无汛，河流断流，湖泊萎缩，更为严重的是超采地下水，引起地表塌陷，多处出现地下漏斗。生态环境的急剧恶化，大运河失了水份的濡养，河道干枯，从此断航至今。下图
从南运河的形成来看，它是充分利用卫运河主河道而修建的，沿途接纳了其它小小支流。卫运河上游有两条支流，一条叫漳河，另一条是卫河，它们都发源于南部太行山山脉，漳河流经河北邯郸磁县，上游有一座岳城水库，它控制了漳河99%的流域面积，蓄水量能达到13亿立方米，是卫运河的主要水源，卫河年均径流量可达20亿立方米，也是一条产水量较高的河流。
漳河、卫河汇合后也称为漳卫河，进入华北平原后，波降比降低，河流变缓，河道约束力变差，经常出现洪水灾害，两岸人民饱尝水患的痛苦 ，为此实施了人工开挖河道，称之为卫运河，卫运河经过德州之后，进入南运河。
从水系发育来看，南运河实质上就是漳河、卫河的下游河道，供水主要依赖于漳卫两条河流，当供水不足时，南运河也随之断航。历史上因为京杭大运河的名气，加之是人工修建而成，人们忘记了南运河是漳卫河的下游，从而忽视了漳卫河的作用，上游修建的很多水库，水库的调配管理也出现了问题，南运河的断航也就不足为奇了。下图是漳卫河交汇处场景
华北平原降水变率大，导致河流年径流量暴涨暴落，卫河年径流量最多的是1963年，达75.3亿立方米，最少的是1965年，只有8.54亿立方米，相差8.8倍。修建这些水库的作用主要是防洪，漳河上的岳城水库防洪标准达到二千年一遇，石家庄边上的滹沱河更高，达到五千年一遇。由于这些年持续干旱，水库用水分配出现了利益之争，水库周边利益难以均衡，位于下游末梢的南运河也就难以享受到上游水库带来的“阳光雨露”。
到了本世纪初，华北平原生态环境进一步恶化，连年的干旱，水库蓄水难以为继，很多水库多年基本上处于死库容状态，工农业生产用水得不到保障，城市饮用水都出现了问题，为此就要开采地下水补充，此时南运河境况更悲惨，干枯的更为彻底。
自然和人为的两方面原因导致京杭大运河难以全线贯通，症结就在南运河，不折不扣地成为了南北贯通的”肠梗阻“。而北运河有潮白河的补给支撑，从未断流，依然畅通。
南运河流域水源不足，就要跨流域引水，为此南水北调立马上项，这次南运河贯通，从哪里调来的水呢？主要来自三个渠道：
一是南水北调东线调水，该线取水点从江苏扬州调长江水，沿京杭大运河及附近现成的平行河道，将洪泽湖、骆马湖、南四湖（微山湖）、东平湖等沿途湖泊作为调蓄水库，设计年调流量88亿。
二是引黄河水，因为黄河是一条特殊河流，河床高于地面，成为一条悬空河，可以利用高差引黄河水北入南运河，实现自流。
三是内生扩张，依靠本身机能造血。从漳河、卫河上游的水库引水，补给南运河。
据相关媒体报道：此次贯通补水将持续到5月底，预计可提供补水量5.15亿立方米。
目前南运河已经贯通，未来是否能保持全年通水状态呢？这还要取决于南水北调东线调水能力。近些年华北平原降水增加有限，区域内河流多数还处于断流干枯状态，今年漳河上的岳城水库能释放流量，是因为去年水库蓄满了水，大家知道去年河南暴雨灾害，其实整个太行山东麓北延至北京降水量都有大幅提升，石家庄降水量超过1000多毫米，相当于我国华南带降水量，这是历史上少有的降水量，为此漳卫河流域水库也有了蓄水机会，今年岳城水库才有条件补给南运河，但并不能支持长期补给，除非流域内降水有所改善。
黄河补给南运河有其优势，因为能实现自流，可是大家知道这些年黄河境况也不是太好，径流量也不是十分丰富，尽管黄河是我国第二条大河，年均径流量不抵长江上很多支流，加之黄河流域持续干旱，这让黄河也遭遇了断流的命运，1997年曾经断流226天，后来黄管委科学调度黄河中上地区水库，减少沿途用水消耗，勉强实现了黄河全年不断流，所以目前引黄济南运河也不希望给予更多的厚爱。
