文 / 利刃君
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Autodock是一款开源的分子模拟软件，最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护，官方网址是http://autodock.scripps.edu/，目前最新的版本是AutoDock 4.2.6，包括AutoDock和AutoGrid两个模块，AutoDock软件包下载地址为http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/，包括Linux、Mac OS和Windows版本以及源代码。
AutoDockTools是AutoDock对接的可视化程序，最新版本为MGLTools1.5.6，下载地址为http://mgltools.scripps.edu/downloads。
这里利刃君为大家带来Windows的软件安装程序，可由文末获取。其他版本大家可以复制上面的链接进行下载。
本次教程以蛋白6PL1的晶体结构作为分子对接的受体，晶体结构由蛋白数据库PDB网站下载，以其原配体OOJ为分子对接的配体，进行半柔性对接（对接受体蛋白设为刚性，对接配体小分子设为柔性）。
①可以使用pymol,VMD,Schrodinger，DS等软件，将蛋白晶体结构中的配体抽离出来，保存为Lig.mol2文件用于分子对接；
②可以使用pymol,VMD,Schrodinger，DS等软件将晶体结构6PL1中的水分子和原配体删除，保存为protein.pdb文件作为分子对接的受体。
下图中为处理好的蛋白晶体结构与配体结构。
-壹-
设置工作目录及工作环境首先我们需要新建一个文件夹，设置该文件夹为我们的工作目录，此后所有分子对接产生的文件均默认保存在该文件夹中，方便我们进行查看。
注：该文件夹所有路径均要求为英文，不能出现中文和特殊字符。
利刃君这里在E盘新建文件夹“6PL1”，随后将下载好的“autogrid4，autodock4”程序以及“6pl1.pdb，Lig.mol2”两个文件拷贝到此文件夹下。
运行AutoDock Tool程序，选择File>Preferences>Set…>在Startup Directory下面的空里填入工作目录即刚才新建的文件夹路径“E：/6PL1”>Make Default
此后所有输入/输出文件的默认路径都是6PL1，即完成工作目录的设置。
-贰-
准备用于对接的受体①导入蛋白：点击File>Read Molecule，选择6PL1文件夹中的“6pl1.pdb”，点击打开，导入蛋白文件。
②加氢：点击Edit>Hydrogens>Add>点“OK”。（由于解析技术的原因，氨基酸的氢原子在晶体结构中是不存在的，因此需要手动加氢原子）
