⑤进行AutoGrid:点击Run>Run AutoGrid,这里,单击Browse,在弹出来的页面里选择protein_ligand.gpf,点击打开,这样就自动生成了protein_ligand.glg文件。Nice Level设置为20(这里的值对对接结果没有什么影响),然后点击Launch运行。
AutoGrid4程序运行完毕后,除了生成一个protein_ligand.glg记录文件外,最主要的是生成一系列针对不同原子探针的范德华作用力、静电力以及去溶剂化作用力的Map文件,可以打开工作目录6PL1查看。
-伍-
进行分子对接①设置对接受体:点击Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename…>选择并打开6PL1_model.pdbqt,将受体蛋白质设置为刚性。
②设置对接配体:点击Docking>Ligand>Open…>打开Lig.pdbqt>Accept。
随后点击Docking>Ligand>Choose…>选择Lig,点“Select Ligand” 选择配体,设置初始位置等信息,点击Accept即可。
③设置对接信息:点击Docking>Search Parameters>Genetic Algorithm…>Accept