mol转换成mgl怎么弄,mol怎么转换为mg

首页 > 实用技巧 > 作者:YD1662023-10-31 00:06:32

为避免打开多个分子导致有可能出现选择错误的问题,可点击Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE删除配体分子。


-肆-

进行Autogrid,生成受体网格

①导入受体:点击Grid>Macromolecule>Open…>6PL1_model.pdbqt>弹出的所有窗口点Yes/OK/确定

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② 导入配体:点击Grid>Set Map Types>Open Ligand…>选择“Lig.pdbqt”>打开

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③生成受体网格:点击Grid>Grid Box设置对接的盒子大小,坐标,格点数,隔点距离,这一步需要自己根据不同的结构来进行具体确认(一般可查文献获取),对于有配体的蛋白我们往往通过配体扩张法来生成活性位点网格,最终目标是对接的盒子包含了配体可能结合的最大区域即可。

本文参数设置为x=40,y=40,z=74,Spacing=0.375,xyz分别表示在各方向上的格点的数量,Spacing表示每个格点的长度,盒子中心坐标为(-4.71,11.99,19.4),设置完成后可以在图形界面查看盒子的具体位置。

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④保存网格文件:点击File>Close saving current保存盒子信息,选择Grid>Output>Save GPF,保存为protein_ligand.gpf文件(注意Windows下要手动添加文件名后缀)。

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