③加电荷：点击Edit>Charges>Compute Gasteiger>点“OK”。
④保存处理好的蛋白文件：点击Grid>Macromolecule>Choose…>选择6pl1_model1后点“Select Molecule”>弹出的窗口点“确定”>弹出对话框点“保存”自动保存6pl1_model1.pdbqt。
为避免打开多个分子导致有可能出现选择错误的问题，可点击Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE删除蛋白分子。
-叁-
对小分子配体进行加氢、加电荷（与蛋白的处理步骤相同）、加Root。
①点击File>Read Molecule，选择6PL1文件夹中的“Lig.mol2”，在打开的文件类型中选择mol2格式，点击打开，导入配体小分子。
②加氢：点击Edit>Hydrogens>Add>点“OK”。
