接着点击Docking>Docking Parameters…>Accept。
④保存文件：点击Docking>Output>Lamrckian GA 4.2，选择拉马克遗传算法作为对接算法，保存成为protein_ligand.dpf文件（Windows下手动加后缀），dpf文件中包含了分子对接的信息，默认对接的构象数为10个，可以用文本编辑器打开dpf文件，手动修改对接的构象数目（ga_run 10）；
⑤进行分子对接：点击Run>Run AutoDock，在弹出的窗口中点击Browse，在弹出来的页面里再一次选择protein_ligand.dpf，点击打开，这样就自动生成了protein_ligand.dlg文件，Nice Level设置为20，然后点击Launch运行。
-陆-
查看对接结果点击Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE删除配体分子。
点击Analyze>Dockings>Open…>选择并打开protein_ligand.dlg文件>出现的对话框都点Yes或确定。
之后点击Analyze>Conformations>Load…即可将对接结果及分子构象载入到图形窗口中，在弹出的protein_ligand Conformations Chooser对话框单击列表中对应的分子构象编号，上部的显示窗口即可显示该分子构象的诸如Binding Energy等分子对接信息。
更多分析，比如聚类，构象叠合等大家可在analyze里找到。
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