清朝统一天下之后，他也算是功成名就，因为康熙帝任命王辅臣为山西提督，镇守西凉。
康熙帝削藩引发“三藩之乱”后，王辅臣的反应就很有趣了。
王辅臣这种与吴三桂有过亲密关系的重臣，只有两条路可以走，第一条路是坚决的勾结吴三桂，义无反顾的走向反抗清朝统治；另一条路是立马向清朝投诚，让清朝看到自己与吴三桂决裂的信心。
当时王辅臣和张勇共同统领陕西军务。
刚开始，大家都以为王辅臣走的是第二条路，吴三桂起兵后，致书联络王辅臣，王辅臣将吴三桂的书札呈送清朝，向康熙皇帝表忠心，这一举措得到了康熙帝的信任。
于是清朝投桃报李，康熙帝很封赏了王辅臣的儿子。哪知，这一下张勇不高兴了。
后来康熙帝调走了张勇，派来了清朝大学士、兵部尚书莫洛。莫洛和张勇关系特别好，得知张勇被调走就是因为王辅臣，就处处和王辅臣作对。
有一次，王辅臣在粮饷问题上和莫洛发生冲突，王辅臣的副将一冲动*了莫洛。这一下王辅臣麻爪了，知道闯了大祸，决定投靠吴三桂，与清朝为敌。
史*载：“康熙十三年（1674年）八月，十二月，途经宁羌，王辅臣袭*莫洛，附吴三桂，领兵北走平凉。”
吴三桂
吴三桂一听，王辅臣来了，非常高兴，立马册封王辅臣为平远大将军，北攻陕甘地区。
康熙十四年（1675年）二月，王辅臣攻占兰州。陕甘府州将官起兵响应。固原、秦州、巩昌、定边、靖边、临洮、庆阳、绥德、延安、花马池等地都为王辅臣所占有。
王辅臣以自己大本营平凉为根据地，北出宁夏，南到四川巴蜀，抵抗清军，征战四方。
康熙帝看王辅臣势大，加上的确是莫洛处处针对王辅臣，想继续招降王辅臣，为此他还派王辅成的儿子前去劝降王辅臣。
王辅臣也不从，康熙帝决定派图海出兵平凉。图海刚开始也是招降王辅臣，并派大军围困平凉。
这次王辅臣又一次投降图海，投降清朝。
