芽孢杆菌γ 噬菌体家族,也构成了一些新一代潜在诊断学的基础,例如用于炭疽杆菌生物发光检测的噬菌体工程。
自引入下一代测序以来,大量可用的噬菌体序列数据,揭示了巨大的噬菌体遗传多样性。
鉴于针对模型宿主识别出大量噬菌体,理解和解决这种多样性是一项复杂的任务。
感染单个宿主的一些研究,最充分的噬菌体是那些感染耻垢分枝杆菌MC2155的噬菌体,已分离出近 12,000 个噬菌体,并对 2000 多个噬菌体进行了测序。
不同的噬菌体根据它们的基因组序列,噬菌体被分为不同的组和簇 。同样,93芽孢杆菌的生物信息学分析噬菌体,导致噬菌体分为 12 个不同的簇,其中有 14 个单独的噬菌体。
这些单噬菌体之一是炭疽杆菌噬菌体 Tsamsa,这是一种大型 (169 kb) 温带噬菌体,具有 siphovirus 形态,10 多年前在纳米比亚分离出来。
从那时起,已报道了多种噬菌体,它们与 Tsamsa 噬菌体具有相似的基因组特征。
在这项研究中,从澳大利亚土壤样本中,分离出五种感染炭疽杆菌的新型噬菌体。噬菌体基因组被测序并显示与 Tsamsa 噬菌体相关。
对公开可用的噬菌体分离序列,和宏基因组序列的筛选,揭示了另外 20 个分布在全球的噬菌体。
它们与 Thrax1-5 和 Tsamsa 噬菌体,具有相似的基因组特征。使用全面的生物信息学方法,我们确定这些噬菌体属于我们称为 Tyrovirus 组的新组。
此外,我们分析了酪氨酸病毒的形态学和基因组特征,并探索了它们与芽孢杆菌相互作用的本质。
这项研究最终扩展了一个噬菌体家族,它曾经是一个单一的,现在包括一个新组 Tyrovirus 下的另外 25 个噬菌体,并提供更多的基因组见解和对其进化多样性的理解。
五种炭疽杆菌噬菌体的分离五种温带噬菌体 Thrax1-5 于 2016 年从澳大利亚北领地收集的土壤中分离出来。这些噬菌体是在无毒的炭疽芽孢杆菌菌株 Sterne (34F2) 上分离出来的,该菌株缺乏 pXO2 质粒和产生 poly-γ 的能力-d-谷氨酸胶囊。
鉴于这种胶囊的存在已被证明,可以防止一些炭疽芽孢杆菌噬菌体的感染 ,Thrax1-5 噬菌体的裂解能力,也在 9 种有胶囊的(有毒的)炭疽芽孢杆菌菌株上进行了测试。
Thrax1 噬菌体在所有九种菌株上引起宿主裂解,而 Thrax2、Thrax3 和 Thrax5 噬菌体分别仅在六种、两种和四种菌株中产生裂解。
噬菌体病毒粒子用乙酸双氧铀负染色,并在透射电子显微镜下成像,显示典型的管状病毒形态,具有直径约 78 ± 3 nm 的等距二十面体头,和长度约 431 ± 28 nm 的长非收缩尾。