VICTOR 依靠全基因组系统发育来确定,噬菌体之间的进化关系 。在这里,输入包括酪氨酸病毒和 25 种相关噬菌体的总蛋白质序列(以 < 95% 的核苷酸同一性进行去重)。
VICTOR 系统发育与 OPTSIL 分类单元边界预测相结合,表明酪氨酸病毒形成属级进化枝,这一预测比 VIRIDIC 和 vContact2,建议的预测更具侵略性。
许多这些噬菌体之间的核苷酸相似性,低于国际病毒分类委员会 ICTV ,为属级分组推荐的约 70% 阈值。
虽然 VICTOR 利用优化的基因组,爆炸距离系统发育 (GBDP) 来推断系统发育树,并且已经针对 ICTV 认可的大型参考噬菌体,基因组数据库进行了优化。
鉴于这些分析之间的不一致,我们不愿建议对实验室分离的Tyroviruses ,进行任何属级分类。
在这里,我们只是继续将它们和其他宏基因组,衍生的噬菌体称为酪氨酸病毒。
当扩展到亚科预测时,OPTSIL 将酪氨酸病毒与乳球菌av949 样噬菌体、短芽孢杆菌Sundance 噬菌体、芽孢杆菌SPbeta 样噬菌体和地芽孢杆菌E3 噬菌体分组。
它们通过 vContact2 衍生的网络系统发育相似地共同位于簇中。
仅根据经验确定了,单个酪氨酸病毒的精确基因组末端。Tsamsa 噬菌体显示含有 284 bp 的短直接末端重复序列 (DTR)。
为了确定 Thrax1-5 噬菌体的基因组末端,我们使用了 PhageTerm ,并结合对原始测序读数的手动检查。与在 Tsamsa 噬菌体中看到的类似,发现噬菌体 Thrax1-3 含有 285 bp DTR,而噬菌体 Thrax4-5 含有 284 bp DTR。
短 DTR 的存在表明这些噬菌体,经历了 T7 噬菌体样 DNA 包装过程,其中用于包装的体内 DNA 底物是噬菌体 DNA 的串联体。
我们根据在 Tsamsa 噬菌体和 Thrax1-5 噬菌体中,观察到的 DTR 的序列同一性,继续鉴定其他分离的,酪氨酸病毒噬菌体的基因组末端。
噬菌体被预测包含与上述经验证实的 ,DTR 一致的序列,并显示出一些高度序列同一性的区域。由于与上述噬菌体共享的核苷酸相似性较低,我们无法确认136、PJN02 和 FADO 噬菌体中,是否存在 DTR。
使用噬菌体末端酶的序列同一性作为确定基因组包装策略的代理,我们将这三种噬菌体中存在的终止酶与 GenBank 非冗余蛋白质数据库进行了比较。
观察到存在于彼此基因组、其他酪病毒基因组和短芽孢杆菌噬菌体 Sundance 的末端酶的序列相似性最高。
Sundance 噬菌体的包装策略涉及短 DTR (323 bp) ,结合起来 136、PJN02 和 FADO 噬菌体也使用短 DTR。