传统培养基的优化
培养基的优化主要是调整培养基的成分，在传统培养基中添加某些特殊物质，如添加某些信号物质乙酰高丝氨酸内酯类化合物、氨基酸、多肽类等等，改善微生物的培养状况，如精氨酸可以诱导白色念珠菌菌丝形成；添加某些微生物生长因子、金属离子Cu SO4`5H2O、Fe SO4`7H2O、Zn SO4等促进微生物的生长及其代谢产物产生，如添加Cu SO4`5H2O使枯草芽孢杆菌核黄素的产量有了明显的提高。
寡营养培养
过去对微生物的培养人们倾向于为微生物提供丰富且充足的营养物质，但是培养效率却往往达不到我们的预期。
这种现象说明并非所有的微生物都适合在营养丰富的条件下生长。
在自然环境中占主导地位的许多微生物不适合在含有高浓度复杂碳源的培养基上生长，许多微生物可能需要营养不足或其他苛刻的条件才能培养成功。
2010年，Senechkin等人定义“oligotrophs”，即能够在(极)低营养素利用率下生长的细菌，也叫寡养菌。
Ilya等人将稀释的样品悬浮液接种到新鲜的低碳和高碳琼脂培养基中，低碳琼脂培养基具有与高碳琼脂培养基相同的组成，但酶促酪蛋白水解物和葡萄糖比高碳培养基低100倍。
孵育后，选择在高碳琼脂培养基上没有形成的菌落但在低碳培养基上形成的菌落，再次转移到新鲜的低碳和高碳琼脂培养基中进行培养，重复上述操作直到第十次转移完成，该方法有效的实现了环境中部分寡养菌的培养。
寡养菌不同于其他细菌群体，它们更喜欢低营养环境。
因此，可以利用特定限制能源的培养基，如低碳培养基从环境中分离培养寡养菌。
基于共培养的培养方法
自然界中的微生物与人类一样都是“群居”生活，微生物间存在十分复杂的联系。
微生物共培养模拟了自然界中微生物间的相互作用，允许不同菌体通过释放特殊代谢物质进行交流，从而促进微生物生长。
为达到此目的，近些年有以下一些经典的共培养方法。
