在蘑菇的鉴别时通常需要制作孢子印，其方法是使大量的担孢子散落在白色或黑色纸上，便可以在纸上形成孢子印。由于不同种类蘑菇的担孢子颜色不同，所以需要注意用白色纸制作深色的孢子印，用黑色纸制作无色或浅色的孢子印，孢子印的颜色是识别蘑菇种类的重要依据之一。
菌褶在菌柄上的连接方式
菌褶在菌柄上的连接方式也因种类不同而异，通常有4种方式，一为直生，即菌褶直接着生在菌柄上，二为离生，即菌褶不与菌柄相连。
有些蘑菇菌盖下面的子实层体不为菌褶，而是很多菌管，担孢子在菌管中产生。伞菌类中的牛肝菌类为这种结构。不同种类的牛肝菌其菌管的管口形状和大小存在有较大的差异。大多数蘑菇的菌柄为圆柱形，但在粗细和长短上也是因种而异。多数种类的菌柄生于菌盖下方的正中央，称为中生，有的则生于偏于菌盖一侧，称为侧生。有的菌柄的中部或上部具有由内菌幕形成的膜质菌环，部分种类的菌环裂成许多细丝；也有许多种类没有菌环；有些种类在菌柄的基部有菌托，许多种类没有菌托。
有无菌环和菌托，以及菌环和菌托的位置和结构也是鉴别蘑菇种类的重要依据。不同蘑菇的菌柄在质地上也不同，一般分为中实、松软、中空等几种类型。
子实体的状态
子实体受伤时的颜色变化 多数蘑菇的子实体在受伤时没有颜色的变化，但有些种类则有颜色变化，如牛肝菌科中的某些种类等。
