1906年,任复旦公学校长,被安徽巡抚恩铭聘去任安庆任安徽师范学堂监督。1908年在北京任学部审定名词馆总纂。1911年创作大清国歌《巩金瓯》。1912年京师大学堂更名为北京大学校,任首任校长;11月辞去校长职务。1921年10月27日在福州郎官巷住宅与世长辞,终年69岁。严复任总办的北洋水师学堂曾被时人推崇为“实开北方风气之先,立中国兵舰之本”。作为一所新式海军学校,该校20年间为社会培养了许多人才。严复是一个维新派思想家,翻译了英国生物学家赫胥黎的《天演论》,以“物竞天择、适者生存”,在当时产生了巨大的影响。戊戌变法后,他致力于翻译西方资产阶级哲学社会学说及自然科学著作,是一个资产阶级启蒙思想家。严复信奉达尔文进化论和斯宾塞的庸俗进化论。想通过资产阶级的体、智、德三方面教育增强国威。