▲卡若拉冰川
内流水系侵蚀力较弱，无法汇入海洋，往往消失在内陆或者汇聚成湖泊。内流水系占据了阿里近四分之三的面积，在地表上汇聚出大大小小的湖泊，其中1平方千米以上的约有100余个，总面积超过6000平方千米。阿里也成为中国湖泊分布最密集的区域之一。
著名的有夹峙于冈底斯山脉与喜马拉雅山脉之间的玛旁雍错与拉昂错。
▲玛旁雍错
玛旁雍错的面积超过400平方千米，是同样海拔高度中面积最大的淡水湖。其水面清澈、宁静，周边草原植被生长茂盛，形成了一处天然优质牧场。
▲拉昂错
而紧邻的拉昂错恰好相反，它的淡水补给较少，水苦涩难咽，湖岸植被稀疏，极为荒芜。
后来，拉昂错被称为鬼湖，玛旁雍错则被称为圣湖。
其他湖泊也是各有特色，位于冈底斯山脉群峰之中的扎日南木错，面积超过1000平方千米，为阿里第一大湖、西藏第三大湖。
▲扎日南木错
与内流水系相比，外流水系野蛮有力，它们撕开地表、夺路向前，再汇聚成更大的河流，最终流入海洋。
从冈仁波齐周围地区发源的四大河流全都属于外流水系，分别是森格藏布（狮泉河）、朗钦藏布（象泉河）、马甲藏布（孔雀河）、当却藏布（马泉河）。
